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问从匹配单同位素质量的pubchem中提取sdf文件
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Stack Overflow用户

提问于 2016-05-22 09:48:16

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我正在尝试从pubchem数据库中提取sdf格式的化合物的化学结构，这些化合物与某个确切的质量相匹配，并且在该确切质量的10ppm (精确质量-cmpndmass/精确质量)*10^6的范围内。有没有一种方法可以使用python或java编程语言与pubchem进行接口？

发布于 2017-01-30 12:43:59

PubChem有一个REST API来下载化学结构。为了检索给定质量范围内的PubChem复合记录，应该启动一个Entrez查询来生成for列表。100:100.01是本例的质量范围。

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pccompound&usehistory=y&retmax=0&term=100:100.01[exactmass]

您可以参考本教程Power user gateway

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/37369757

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