biopython - Entrez.esearch()查询翻译与我的查询不对应

Question

我是Biopython的新手。使用以下代码：

handle = Entrez.esearch(db="nuccore", term="complete", field="title", FILT="refseq", porgn="viruses", rettype='xml')
print Entrez.read(handle)[u'QueryTranslation']

我得到了：

complete[Title]

但我期待的是这样的东西：

complete[Title] AND "viruses"[porgn]

(来自http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore上搜索结果的QueryTranslation)

refseq过滤器似乎也不起作用。我做错了什么？提前感谢！

Answer 1

根据当前的NCBI文档，没有选项FILT或progrn - NCBI可能会默默地忽略它们(就个人而言，我更喜欢从它们那里得到明确的错误消息)。

基于http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/#chapter4.ESearch，您现在可以执行以下操作

>>> from Bio import Entrez
>>> handle = Entrez.esearch(db="nuccore", term="complete", field="title", rettype='xml')
>>> print Entrez.read(handle)[u'QueryTranslation']
complete[Title]

作为另一种选择：

>>> from Bio import Entrez
>>> handle = Entrez.esearch(db="nuccore", term="complete[title]", rettype='xml')
>>> print Entrez.read(handle)[u'QueryTranslation']
complete[Title]

该字段选项(我敢肯定)是NCBI的一个新功能，但实际上并没有添加任何新功能。它似乎只对琐碎的搜索有意义。

要执行您似乎想要的复杂搜索，请执行以下操作：

>>> from Bio import Entrez
>>> handle = Entrez.esearch(db="nuccore", term="complete[title] AND viruses[porgn]", rettype='xml')
>>> print Entrez.read(handle)[u'QueryTranslation']
complete[title] AND viruses[porgn]

在Biopython教程中有类似的例子。另请参见http://news.open-bio.org/news/2009/06/ncbi-einfo-biopython/ (现已在生物体教程中)。

Answer 2

我认为您需要编辑您的term关键字参数。您需要包含AND viruses[porgn]

>>> handle = Entrez.esearch(db="nuccore", term="complete AND viruses[porgn]", field="title", FILT="refseq", rettype='xml')
>>> print Entrez.read(handle)[u'QueryTranslation']
complete[Title] AND viruses[porgn]

Answer 3

要添加RefSeq需求，您可以这样做

>>> from Bio import Entrez
>>> handle = Entrez.esearch(db="nuccore", term="complete[title] AND refeq[filter] AND viruses[porgn]", rettype='xml')