如何将mcmc.list转换为bugs对象？

Question

我正在使用rjags R库。函数coda.samples生成一个mcmc.list，例如(从example(coda.samples))：

library(rjags)
data(LINE)
LINE$recompile()
LINE.out <- coda.samples(LINE, c("alpha","beta","sigma"), n.iter=1000)
class(LINE.out)
[1] "mcmc.list"

但是，我想使用plot.bugs函数，它需要一个bugs对象作为输入。

是否可以将对象从mcmc.list转换为bugs对象，以便plot.bugs(LINE.out)

请注意，有一个similar question on stats.SE已经有一个多月没有应答了。这个问题在2012年8月29日结束了。

更多提示：

我发现R2WinBUGS包有一个函数"as.bugs.array“函数--但还不清楚如何将该函数应用于mcmc.list。

Answer 1

我不知道这是否会给你你想要的。请注意，model代码来自使用您的代码，然后在光标处键入LINE。剩下的只是标准的bug代码，除了我使用tau = rgamma(1,1)作为初始值，并且不知道它有多标准。我不止一次看到tau = 1用作初始值。也许这样会更好。

实际上，我使用与您使用的相同的model代码创建了一个rjags对象，并添加了一条jags语句来运行它。我承认这与将coda输出转换为bugs对象不是一回事，但它可能会导致您获得所需的plot。

如果您只有一个mcmc.list而没有model代码，并且您只是想绘制mcmc.list，那么我的答案将不起作用。

library(R2jags)

x <- c(1, 2, 2, 4, 4,  5,  5,  6,  6,  8) 
Y <- c(7, 8, 7, 8, 9, 11, 10, 13, 14, 13) 

N <- length(x)
xbar <- mean(x)

summary(lm(Y ~ x))

x2 <- x - xbar

summary(lm(Y ~ x2))

# Specify model in BUGS language

sink("model1.txt")

cat("

model  {
                for( i in 1 : N ) {
                        Y[i] ~ dnorm(mu[i],tau)
                        mu[i] <- alpha + beta * (x[i] - xbar)
                }
                tau ~ dgamma(0.001,0.001) 
                sigma <- 1 / sqrt(tau)
                alpha ~ dnorm(0.0,1.0E-6)
                beta ~ dnorm(0.0,1.0E-6)        
        }

",fill=TRUE)
sink()

win.data <- list(Y=Y, x=x, N=N, xbar=xbar)

# Initial values
inits <- function(){ list(alpha=rnorm(1), beta=rnorm(1), tau = rgamma(1,1))}

# Parameters monitored
params <- c("alpha", "beta", "sigma")

# MCMC settings
ni <- 25000
nt <-     5
nb <-  5000
nc <-     3

out1 <- jags(win.data, inits, params, "model1.txt", n.chains = nc, 
             n.thin = nt, n.iter = ni, n.burnin = nb)

print(out1, dig = 2)
plot(out1)

#library(R2WinBUGS)
#plot(out1)

编辑：

根据评论，也许这样的东西会有所帮助。行str(new.data)表明有大量数据可用。如果您只是简单地尝试创建默认绘图的变体，那么这样做可能只需要根据需要提取数据并子集。这里，plot(new.data$sims.list$P1)只是一个简单的例子。如果不确切知道您想要什么图，我将不会尝试更具体的数据提取。如果你发布了一个图形，展示了你想要的图形类型的示例，也许有人可以从这里获取它，并发布创建它所需的代码。

顺便说一句，我建议将示例数据集的大小减少到可能的三个链，并且可能不超过30次迭代，直到您有了您想要的确切图的确切代码：

load("C:/Users/mmiller21/simple R programs/test.mcmc.list.Rdata")

class(test.mcmc.list)

library(R2WinBUGS)

plot(as.bugs.array(sims.array = as.array(test.mcmc.list)))

new.data <- as.bugs.array(sims.array = as.array(test.mcmc.list))

str(new.data)

plot(new.data$sims.list$P1)

编辑：

另请注意：

class(new.data)
[1] "bugs"

鉴于：

class(test.mcmc.list)
[1] "mcmc.list"

这就是你帖子的标题所要求的。

Answer 2

没有答案，但此blog post具有以下包装函数，用于使用R2WinBUGS：：：bugs.sims将coda输出(.txt)转换为BUGS：

coda2bugs <- function(path, para, n.chains=3, n.iter=5000, 
                      n.burnin=1000, n.thin=2) {   
 setwd(path)   
 library(R2WinBUGS)   
 fit <- R2WinBUGS:::bugs.sims(para, n.chains=n.chains, 
        n.iter=n.iter, n.burnin=n.burnin, n.thin=n.thin, 
        DIC = FALSE)   
 class(fit) <- "bugs"   
 return(fit) 
} 

Answer 3

这不是您问题的解决方案，但是为了回应您对@andybega的回答的评论，这里提供了一种将mcmc.list对象转换为典型的coda文本文件的方法。

mcmc.list.to.coda <- function(x, outdir=tempdir()) {
  # x is an mcmc.list object
  x <- as.array(x)
  lapply(seq_len(dim(x)[3]), function(i) {
    write.table(cbind(rep(seq_len(nrow(x[,,i])), ncol(x)), c(x[,,i])), 
                paste0(outdir, '/coda', i, '.txt'),
                row.names=FALSE, col.names=FALSE)
  })

  cat(paste(colnames(x), 
            1 + (seq_len(ncol(x)) - 1) * nrow(x),
            nrow(x) * seq_len(ncol(x))), 
      sep='\n', 
      file=file.path(outdir, 'codaIndex.txt'))
}

# For example, using the LINE.out from your question:
mcmc.list.to.coda(LINE.out, tempdir())