R将colname作为循环中的变量传递给glht函数

Question

我确信我在这里遗漏了一些明显的东西；我试图使用一个循环将输入更改为一个公式，然后生成一个包含该公式的glht。(glht =一般线性假设检验)。谢谢大家！

df2 <- data.frame(f1=seq(1:5),f2=seq(4,8), y=sample(x=c(0,1),size=5,replace=TRUE))
df2 <- data.frame(lapply(df2,factor)) # convert to factors

library(multcomp)

for (i in 1:(length(df2)-1)){
  fmla <- as.formula( paste("y~",colnames(df2)[i],sep=""))
  fm1 <- glm (fmla, family = binomial("logit"), data=df2)
 }

这就行了；现在我尝试动态地传入f1来生成下面的代码行：

  tuk <- glht(fm1, linfct=mcp(f1 ="Tukey"))

我试过了：

tuk <- glht(fm1,linfct=mcp(colnames(df2)[i] ="Tukey"))

但这给了我们：

Error: unexpected '=' in " tuk <- glht(fm1,linfct=mcp(colnames(df2)[i] ="

我以为这会和parse/eval有关。所以我试着：

e1 <- paste("fm1,linfct=mcp(",colnames(df2)[i],"=Tukey)",sep="")
glht(e1)

提供：

Error in object$coefficients : $ operator is invalid for atomic vectors
Error in modelparm.default(model, ...) :  no 'coef' method for 'model' found!

然后尝试：

e1 <- parse(text=paste("fm1,linfct=mcp(",colnames(df2)[i],"=Tukey)",sep="") )
glht(e1)

提供：

Error in parse.default(text = paste("fm1,linfct=mcp(", colnames(df2)[i],  : 
 <text>:1:4: unexpected ','
1: fm1,
      ^

最后：

e1 <- as.expression(paste("fm1,linfct=mcp(",colnames(df2)[i],"=Tukey)",sep="") )
glht(e1)

提供：

Error in UseMethod("vcov") : no applicable method for 'vcov' applied to an object of class "expression"
Error in modelparm.default(model, ...) :  no 'vcov' method for 'model' found!

Answer 1

去年，一个本质上是identical question的问题被问到了，也被回答了。下面的答案使用了@hadley当时概述的策略，更详细地解释了它的工作原理。

这个问题的棘手之处在于，您需要将每个列名作为唯一参数的名称传递给mcp()。使用do.call()可能是实现这一目标的最佳方式。

你想要什么：

mcp(f1 = "Tukey")

当你有一个变量X="f1"的时候如何获取它

X <- "f1"
arg <- list("Tukey")
names(arg) <- X
do.call(mcp, arg)

在您的例子中，您可以这样做：

require(multcomp)
df2 <- data.frame(f1=seq(1:5),f2=seq(4,8), y=sample(x=c(0,1),
                  size=5,replace=TRUE))
df2 <- data.frame(lapply(df2,factor)) # convert to factors

nms <- head(colnames(df2), -1)
lapply(nms, 
       function(X) {
           fmla <- as.formula( paste("y~", X, sep=""))
           fm1 <- glm (fmla, family = binomial("logit"), data=df2)
           ## From here on down is the solution
           args <- list("Tukey")
           names(args) <- X
           cmp <- do.call(mcp, args)
           glht(fm1, linfct = cmp)
       })