加速Combn到ID矩阵R

Question

这个小问题是大代码的瓶颈，它必须至少重复数千次，所以这里的主要问题是速度。

我有一个数字向量，例如：

v <- c(1,3,5)

我想知道我可以对这个子集进行的所有组合。并将它们设置为0和1的矩阵，例如：

 col1 col2 col3 col4 col5 col6 col7
1  1   0    0    1    1    0    1
3  0   1    0    1    0    1    1
5  0   0    1    0    1    1    1

实际上我使用的是函数combn (我认为这是最快的干净利落的方法，对吧？)

matrix <- lapply(seq(length(v)),function(i){
              submatrix <- combn(x = 1:length(v), m=i)

#code follows after a brief explanation

我将获得三个矩阵，例如：

1  2  3

1  1  2
2  3  3

1
2
3

所以为了得到1和0的矩阵，我用一个双精度的for来填充它。(这里可能是我可以获得一些速度的地方)

list_matrix <- lapply(seq(length(v)),function(i){
    submatrix <- combn(x = 1:length(v), m=i)
    1matrix <- matrix(data = 0, nrow = length(v), ncol = dim(submatrix)[2])

    for(k in seq(dim(submatrix)[2]))
       for(j in seq(dim(submatrix)[1]))
           1matrix[submatrix[j,k],k] <- 1

    return(1matrix)   })       

我所展示的是代码中最慢的部分。对于这个例子，取一个0.012秒。下一步很简单。

我得到的是三个矩阵：

  col1 col2 col3
1   1   0    0
3   0   1    0
5   0   0    1

  col1 col2 col3
1   1   1    0
3   1   0    1
5   0   1    1

  col1 
1   1   
3   1  
5   1   

现在，这个过程非常简单和快速。

final_matrix <- list_matrix[[1]]

for(i in seq(2,length(list_matrix))
   final_matrix <- cbind(final_matrix, list_matrix[[i]]

这样做的作用是粘贴要获取的列。耗时0.0033秒：

 col1 col2 col3 col4 col5 col6 col7
1  1   0    0    1    1    0    1
3  0   1    0    1    0    1    1
5  0   0    1    0    1    1    1

我需要加快这个过程。我认为for或的替身正在减慢速度。如果有人能提供一些帮助，我将不胜感激。

谢谢。

Answer 1

你可以使用tabulate来简化你的代码：

L <- sapply(1:length(v), function(i) combn(length(v),i,FUN=tabulate,nbins=length(v)))
do.call(cbind,L)
#     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#[1,]    1    0    0    1    1    0    1
#[2,]    0    1    0    1    0    1    1
#[3,]    0    0    1    0    1    1    1

请注意，combn本身速度很慢，因此您可能想要探索它更快的类似产品，例如Faster version of combn