CMG biotools -一个基于Perl的工具

Question

sub runBlast {
    # order is preserved !
    for ( my $subject_counter = 0 ; $subject_counter < scalar ( @{$xmlcfg->{sources}[0]->{entry}} ) ; $subject_counter++ ) {
        my $subjectTitle = $INFO{$subject_counter}{title};
        my $subjectSubtitle = $INFO{$subject_counter}{subtitle};
        for ( my $query_counter = 0 ; $query_counter < scalar ( @{$xmlcfg->{sources}[0]->{entry}} ) ; $query_counter++ ) {
            my $queryTitle = $INFO{$query_counter}{title};
            my $querySubtitle = $INFO{$query_counter}{subtitle};
            $tab_h{"$query_counter-$subject_counter"} = $cm->start();
            unless ( $tab_h{"$query_counter-$subject_counter"} ) {
                my $blastreport_scratch = "$scratch/$query_counter-$subject_counter.blastout.gz";
                my $jobid = md5 ( "$scratch/$query_counter.fsa" , "$scratch/$subject_counter.fsa" ) ;
                system "$perl /usr/biotools/indirect/cacher --id='$jobid' --source='$cache_source' -action get > $blastreport_scratch";
                if ( $? != 0 or $clean or -s $blastreport_scratch == 0) {
                    print STDERR "# jobid $jobid not in cache - redoing\n";
                    my $cmd = "$BLASTALL -F 0 -p blastp -d $scratch/$subject_counter.fsa -e 1e-5 -m 7 < $scratch/$query_counter.fsa | $TIGRCUT | gawk '{print \$1\"\\t\"\$2}' | $gzip > $blastreport_scratch";
                    system $cmd;
                    die "# failed at '$cmd'\n" if $? != 0;
                    system "$perl /usr/biotools/indirect/cacher --id=$jobid --source=$cache_source -action put -expire 100 < $blastreport_scratch";
                } else {
                        my $s = -s $blastreport_scratch;
                        print STDERR "# fetched jobid $jobid from cache ( $s bytes)\n";
                }
                exit;
            }
        }
    }
    $cm->wait_all_children; 
}

我对Perl编程一窍不通。我必须运行这个名为CMG Biotools的工具，它是用Perl语言编写的。

我在这里附加了它的部分代码。谁能告诉我什么时候会显示jobid not in cache...redoing消息。code for CMG biotools

Answer 1

您的脚本blastmatrix尝试使用名为"cacher“的外部perl工具- /usr/biotools/indirect/cacher -传递参数

• -action get
• --source='$cache_source'；和
• --id='$jobid'

因此，该脚本试图从缓存实用程序中检索ID为$jobid的作业，但失败了。失败后，对“重做”的引用似乎是试图运行BLASTALL，即/usr/biotools/blast/bin/blastall，然后重试相同的缓存命令。

因此，如果您看到的只是消息，但脚本正在工作，那么我猜--这就是我能做的所有事情-- BLASTALL正在清理一些问题--一个意外的文件，一个丢失的文件--谁知道呢--第二次尝试缓存是有效的。

如果它根本不工作，我只能说当它尝试使用缓存时，它最终失败了-这与说“根本原因是...”是不同的。

注-以上所有内容都是投机性的。