R: biomaRt包缺少探测ids？

Question

在查找biomaRt hgu133a探测集ids的entrez ids时，我遇到了一个关于affymetrix包的问题。例如，biomaRt找不到"206323_x_at“。

当我在affy_hg_u133a列表中列出所有探测器in时，只有19872个探测器in，而HGU133a上有22245个探测器(或带有控制探测器的22313个)。是脚本有问题还是数据库不完整？

谢谢!

library(biomaRt)  
mart<-useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")  
affyids="206323_x_at"  
getBM(attributes=c('affy_hg_u133a', 'entrezgene'), filters = 'affy_hg_u133a', values = affyids, mart = mart)  
[1] affy_hg_u133a entrezgene   
<0 rows> (or 0-length row.names)

hgu133a<-getBM(attributes='affy_hg_u133a', mart = mart)
dim(hgu133a)
[1] 19872     1

Answer 1

它似乎对这个问题集不起作用。我们可以通过以下命令获得答案

library(hgu133a.db)
myprobeset  = "206323_x_at"
genes <- mget(myprobeset,hgu133aENTREZID)

我们可以测试另一个探测集

affyids = c("218471_s_at")
getBM(attributes = c("affy_hg_u133a", "entrezgene"), filters =  "affy_hg_u133a",values = affyids, mart = ensembl)

myprobeset  = "218471_s_at"
genes <- mget(myprobeset,hgu133aENTREZID)

因此，这似乎是两个不同的数据来源给出了不同的答案。这种情况时有发生。

Answer 2

probemapper包也可以用来满足这一特殊需求。它在R中可用，也有一个在线界面。

这是你的特定基因的结果：qbrc.swmed.edu/probealignment/#probe=1005849

解释:供应商和Bioconductor同意您的探针与Entrez ID 4983对齐，但BLAST显示了一些其他潜在的对齐(如果您只关心供应商的注释，这些可能会被忽略)。