使用awk子串

Question

我有这样几行代码的文件：

1       17      A       G       R:560:500:60:10.71%:1.6329E-19  Pass:1.0:276:0:57:0:1E0 15      17      0       0       R:24:20:4:16.67%:5.461E-2 R:22:20:2:9.09%:2.4419E-1 R:27:24:3:11.11%:1.1792E-1 R:26:23:3:11.54%:1.1765E-1 A:16:16:0:0%:1E0 A:23:23:0:0%:1E0 A:11:10:1:9.09%:5E-1
1       36      C       T       Y:560:499:61:10.89%:7.7026E-20  Pass:1.0:275:0:58:0:1E0 15      17      0       0       Y:24:20:4:16.67%:5.461E-2 Y:22:20:2:9.09%:2.4419E-1 Y:27:24:3:11.11%:1.1792E-1 Y:26:23:3:11.54%:1.1765E-1 C:16:16:0:0%:1E0 C:23:23:0:0%:1E0 C:11:10:1:9.09%:5E-1 

我之前在liner上使用了下面的awk，从$11开始提取每个字段的第一个字符。

awk '{n=11; while (n<18) {{$n = substr($n, 0, 1)} n++} print $0}'

我正在寻找一种简单的方法来修改它，这样我就可以只从这些字段中提取百分比(字段的第四个冒号之后的值)。输出将如下所示：

1       17      A       G       R:560:500:60:10.71%:1.6329E-19  Pass:1.0:276:0:57:0:1E0 15      17      0       0       16.67% 9.09% 11.11% 11.54% 0% 0% 9.09%
1       36      C       T       Y:560:499:61:10.89%:7.7026E-20  Pass:1.0:275:0:58:0:1E0 15      17      0       0       16.67% 9.09% 11.11% 11.54% 0% 0% 9.09%   

干杯。

Answer 1

这将打印包含“%”的百分比：

split($5, arr, ":"); print arr[5]

调整split()语句中的字段编号以适合您的数据。

您不需要使用while循环并自己管理增量变量，只需使用for循环即可。下面是一个完整的工作脚本，使用了上面显示的技术和一个for循环：

awk 'BEGIN {OFS = "\t"} {for (n = 11; n < 18; n++) {split($n, arr, ":"); $n = arr[5]}; print $0}'

示例输出：

1   17  A   G   R:560:500:60:10.71%:1.6329E-19  Pass:1.0:276:0:57:0:1E0 15  17  0   0   16.67%  9.09%   11.11%  11.54%  0%  0%  9.09%
1   36  C   T   Y:560:499:61:10.89%:7.7026E-20  Pass:1.0:275:0:58:0:1E0 15  17  0   0   16.67%  9.09%   11.11%  11.54%  0%  0%  9.09%