如何在运行在Linux (托管在亚马逊EC2上)的DeployR服务器上安装R包？

Question

我成功地在托管在Amazon EC2实例上的Redhat Linux上安装了DeployR。我可以成功地转到DeployR登录页并检查诊断选项卡，它显示DeployR正在运行，并且显示正常。

我已经测试了一个简单的R脚本，并在DeployR上运行良好，但是现在我需要安装RJDBC包: install.packages("RJDBC"，dep=TRUE)

包管理的文档不明确：https://deployr.revolutionanalytics.com/documents/admin/r-package-mgmt/

它显示：“在DeployR网格节点上手动运行此R脚本。”但是不确定如何在网格节点上运行脚本。如何访问网格节点？

通常，需要有关如何为DeployR安装软件包的指导。

Answer 1

如果您的DeployR安装只有一台服务器，那么“网格节点”意味着这是您的服务器--只需通过SSH (或任何其他允许您访问DeployR内容的方式)访问该服务器并执行所需的操作。

Linux上的DeployR最典型的问题是开发包(带有-devel后缀)的可用性，这是编译和构建R包所必需的，DeployR从CRAN存储库获得R包作为源代码(这是与Windows和Mac的主要区别，后者具有预编译的包二进制文件)。

最简单的方法是查看RServe日志(例如<deployr_home>/deployr/8.0.0/rserve/R/log)，找到一些库(-ies)不可用的错误消息(例如x或curl或smth其他)，然后安装所需的开发RPM(在我的示例中为yum install xz-devel或yum install libcurl-devel )。

有时从错误消息中找出所需的包名是一个相当大的挑战。要做到这一点，你可以使用不同的方法，例如你在基于RedHat的发行版上使用的yum search命令，或者http://rpm.pbone.net/网站，如果你知道一些应该属于它的文件名，就可以找到它的包名:例如，如果错误消息显示为curl-config: command not found，那么你可以在rpm.pbone.net中查找curl-config文件，并获得相应包名的提示。

下面是我在Amazon Linux AMI上使用的一些最常用的DeployR开发包的列表：

• pcre-devel
• xz-devel
• bzip2-devel
• zlib-devel
• libicu-devel
• libstdc++-devel
• libcurl-devel
• libxml2-devel

由于Amazon Linux是基于RedHat发行版的，因此这些包的名称应该适合您。