注意带有R代码的C函数名

Question

这里有一些有点疯狂的事情。

如果您有一些由R函数调用的C代码(作为共享对象)，请尝试将以下代码添加到代码中

void warn() {

 int i; // just so the function has some work, but you could make it empty to, or do other stuff

}

如果你随后在被R函数调用的C代码中的任何地方调用warn()，你会得到一个段错误；

  *** caught segfault ***
 address 0xa, cause 'memory not mapped'
Traceback:
  1: .C("C_function_called_by_R", as.double(L), as.double(G), as.double(T), as.integer(nrow),     as.integer(ncolL), as.integer(ncolG), as.integer(ncolT),     as.integer(trios), as.integer(seed), as.double(pval), as.double(pval1),     as.double(pval2), as.double(pval3), as.double(pval4), as.integer(ntest),     as.integer(maxit), as.integer(threads), as.integer(quietly))
  2: package_name::R_function(L, G, T, trios)
  3: func()
  4: system.time(func())
  5: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
  6: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
  7: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
  8: tryCatch(expr, error = function(e) {    call <- conditionCall(e)    if (!is.null(call)) {        if (identical(call[[1L]], quote(doTryCatch)))             call <- sys.call(-4L)        dcall <- deparse(call)[1L]        prefix <- paste("Error in", dcall, ": ")        LONG <- 75L        msg <- conditionMessage(e)        sm <- strsplit(msg, "\n")[[1L]]        w <- 14L + nchar(dcall, type = "w") + nchar(sm[1L], type = "w")        if (is.na(w))             w <- 14L + nchar(dcall, type = "b") + nchar(sm[1L],                 type = "b")        if (w > LONG)             prefix <- paste(prefix, "\n  ", sep = "")    }    else prefix <- "Error : "    msg <- paste(prefix, conditionMessage(e), "\n", sep = "")    .Internal(seterrmessage(msg[1L]))    if (!silent && identical(getOption("show.error.messages"),         TRUE)) {        cat(msg, file = stderr())        .Internal(printDeferredWarnings())    }    invisible(structure(msg, class = "try-error", condition = e))})
  9: try(system.time(func()))
 10: .executeTestCase(funcName, envir = sandbox, setUpFunc = .setUp,     tearDownFunc = .tearDown)
 11: .sourceTestFile(testFile, testSuite$testFuncRegexp)
 12: runTestSuite(testSuite)
 aborting ...
 Segmentation fault (core dumped)
 (END)

不用说，如果您从C或C++包装器而不是从R函数调用相同的函数，代码运行得很好。如果您重命名warn()，它也可以正常工作。

有什么想法吗？这是受保护的名称/符号吗？有这样的名字列表吗？我在Ubuntu 12.01 (i686-pc-linux-gnu (32位))上使用的是R版本2.14.1。C代码是用GNU的GCC 4.6.3编译的。

Answer 1

这似乎是一个相当有趣的问题。这是我的最小示例，在我拥有的test.c文件中

void warn() {}
void my_fun() { warn(); }

我编译它，然后运行

$ R CMD SHLIB test.c
$ R -e "dyn.load('test.so'); .C('my_fun')"

在我的Linux4.6.3.版本中，R输出是

> dyn.load('test.so'); .C('my_fun')
R: Success
list()

其中"R: Success“来自于libc中定义的warn函数(参见man warn，在err.h中定义)。发生的情况是，R理所当然地加载了几个动态库，然后按照指令加载test.so。当调用my_fun时，动态链接器解析warn，但解析规则是全局搜索warn符号，而不仅仅是在test.so中搜索。我真的不知道全局搜索规则是什么，可能是按照.so的打开顺序，但无论如何，解决方案都不是我所期望的。

那该怎么办呢？指定

static void warn() {}

在编译时创建.o时强制解析，从而避免该问题。例如，如果在一个文件(uitties.c)中定义了warn，而在另一个文件中定义了my_fun，那么这就不会起作用。在Linux上，dlopen (用于加载共享对象的函数)可以提供一个标志RTLD_DEEPBIND，它可以在全局之前进行本地符号解析，但是(a) R不以这种方式使用dlopen，并且(b)这种方法有several (见第9页)保留。因此，据我所知，最佳实践是在可能的情况下使用static，并仔细命名函数以避免名称冲突。后者并不像看起来那么糟糕，因为R加载包共享对象，这样包符号本身就不会添加到全局名称空间中(请参阅?dyn.load和local参数，还要注意特定于操作系统的警告)。

我很有兴趣听到一个更健壮的“最佳实践”。