难以理解图形中的count.multiple和simplify

Question

我正在处理网络数据，并且在R中的igraph包中遇到了一个奇怪的(或者至少我没有料到的) count.multiple行为。

library(igraph)
library(plyr)

df <- data.frame( sender = c( "a", "a", "a", "b", "b", "c","c","d" ),
              receiver = c( "b", "b", "b", "c", "a", "d", "d", "a" ) )

我想要的是计算所有的边，并使用倍数作为权重。

当我执行ddply(df, .(sender, receiver), "nrow")时，我的结果是：

  sender receiver nrow
1      a        b    3
2      b        a    1
3      b        c    1
4      c        d    2
5      d        a    1

这正是我所期望的。

但是，我不能使用igraph的count.multiple重现它，这是我期望在igraph中实现的

df.graph <- graph.edgelist(as.matrix(df))
E(df.graph)$weight <- count.multiple(df.graph)

E(df.graph)$weight产生：

3 3 3 1 1 2 2 1

然后我使用了simplify命令：

df.graph <- simplify(df.graph)

它会产生

9 1 1 4 1

我知道这里是怎么回事，simplify只是增加了权重，但我不明白为什么/什么时候会使用它，而不是ddply正在做的事情。

有什么想法吗？

谢谢!

Answer 1

simplify的默认行为是添加多个边的权重。

为了避免重复计算，可以将初始权重设置为1

g <- graph.edgelist(as.matrix(df))
E(g)$weight <- 1
g <- simplify( g )
E(g)$weight

或者更改它们的聚合方式。

g <- graph.edgelist(as.matrix(df))
E(g)$weight <- count.multiple(g)
g <- simplify( g, edge.attr.comb = list(weight=max, name="concat", "ignore") )
E(g)$weight