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问R Bioconductor安装错误-行开始'< DOCTYPE html Public...‘是畸形的
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Stack Overflow用户

提问于 2012-05-31 23:14:53

回答 1查看 2.1K关注 0票数 1

我在R中安装bioconductor软件包时遇到了问题。这是在MacOSX上，R 2.15的全新安装，并使用bioconductor 1.4.4。文字记录如下：

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
BiocInstaller version 1.4.4, ?biocLite for help
> biocLite("Biobase")
BioC_mirror: http://bioconductor.org
Using R version 2.15, BiocInstaller version 1.4.4.
Warning: unable to access index for repository http://brainarray.mbni.med.umich.edu/bioc/bin/macosx/leopard/contrib/2.15
Installing package(s) 'Biobase'
Error: Line starting '<!DOCTYPE html PUBLI ...' is malformed!
> traceback()
6: read.dcf(file = tmpf)
5: available.packages(contriburl = contriburl, method = method)
4: .install.macbinary(pkgs = pkgs, lib = lib, contriburl = contriburl, 
       method = method, available = available, destdir = destdir, 
       dependencies = dependencies, ...)
3: install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...)
2: biocLiteInstall(pkgs, ask = ask, siteRepos = siteRepos, suppressUpdates = suppressUpdates, 
       ...)
1: biocLite("Biobase")

我通过谷歌发现的相关问题表明是互联网连接错误(代理等)，但这里似乎不是这样。我可以很好地从CRAN安装包：(即install.packages("foreach"))

欢迎提出建议。

installation

bioinformatics

bioconductor

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2012-05-31 23:33:21

我相信这是一个错误，当我们的构建在今天早上西雅图时间10点左右完成时-- CRANextras存储库不再可用于Mac，您将看到一个重定向页面的顶部。在source("http://bioconductor.org/biocLite.R")之后查找1.4.5以上的BiocInstaller版本。在Bioconductor邮件列表中有一个email thread。

票数 2

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/10836371

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