从Prefuse图中删除节点

Question

我正在尝试创建一个动态更新的Prefuse图，其中节点会定期添加和删除。我已经能够很好地添加节点和边，然后删除它们，但是当我尝试向下一组节点添加边时，我得到了异常。有没有人知道从Prefuse图中删除节点会有什么陷阱？或者，有没有人知道更好的方法来动态地与Prefuse图进行交互？

(请注意，显示正在正常更新；显示似乎始终与图形的内容相匹配。这不是对Prefuse Toolkit: dynamically adding nodes and edges的愚弄)

代码摘录：

// Set up edge and node tables
Schema node_schema = new Schema();
Schema edge_schema = new Schema();
node_schema.addColumn("node_info", NodeInfo.class);
edge_schema.addColumn("source", int.class, 0);
edge_schema.addColumn("target", int.class, 0);
edge_schema.addColumn("edge_info", EdgeInfo.class);
graph_nodes = node_schema.instantiate();
graph_edges = edge_schema.instantiate();

...

// Set up visualization
graph = new Graph(graph_nodes, graph_edges, false);
vis_panel = new MyVisPanel(graph);

...

// Add nodes & edges
int new_node_1 = graph_nodes.addRow();
graph_nodes.set(new_node_1, "node_info", new NodeInfo());
int new_node_2 = graph_nodes.addRow();
graph_nodes.set(new_node_2, "node_info", new NodeInfo());
int new_edge = graph_edges.addRow();
graph_edges.set(new_edge, "target", new_node_1);
graph_edges.set(new_edge, "source", new_node_2);

... 

// Remove nodes
TupleSet nodes = graph.getNodes();
Iterator iter = nodes.tuples(my_predicate);
while(iter.hasNext())
{
    int row_to_delete = ((Tuple) iter.next()).getRow();
    if(graph.removeNode(row_to_delete))
    {
        System.out.println("Removed row " + row_to_delete);
    }
}

...

// Add nodes & edges again
int new_node_1 = graph_nodes.addRow();
graph_nodes.set(new_node_1, "node_info", new NodeInfo());
int new_node_2 = graph_nodes.addRow();
graph_nodes.set(new_node_2, "node_info", new NodeInfo());
int new_edge = graph_edges.addRow(); // <<-- Exception is thrown here
graph_edges.set(new_edge, "target", new_node_1);
graph_edges.set(new_edge, "source", new_node_2);

我得到的例外是：

java.lang.IllegalArgumentException: Row index out of bounds: -1
    at prefuse.data.column.IntColumn.getInt(Unknown Source)
    at prefuse.data.Table.getInt(Unknown Source)
    at prefuse.data.Graph.updateDegrees(Unknown Source)
    at prefuse.data.Graph.updateDegrees(Unknown Source)
    at prefuse.data.Graph$Listener.tableChanged(Unknown Source)
    at prefuse.data.Table.fireTableEvent(Unknown Source)
    at prefuse.data.Table.addRow(Unknown Source)
    at my_pkg.addSomeNodesFunction(my_code.java:99)

我没有使用标准的Graph.addNode()和addEdge()方法，因为以这种方式设置边缘信息似乎比较困难。(如果有更好的方法，请告诉我！)删除是成功的，因为graph.getNodeCount()和graph.getEdgeCount()在删除节点后返回较小的数字。

有什么想法吗？

Answer 1

经过更多的调查，这似乎是prefuse中的一个小错误。对addEdge的调用首先将源节点和目标节点编号初始化为0，然后该图尝试更新其度数，如果节点0不存在，则更新将失败。有关更多信息，请参阅SF页面上的bug report 3529747。