如何在R中自动执行命令？

Question

我有一个非常基本的问题。

我是R的新用户，这些天我使用一个R包进行分析，我必须运行该包的R命令列表才能获得所需的输出。我想让我的分析流水线自动化，这样我就可以使用一个带有所需参数的R命令来完成我的工作。

这类工作是在shell脚本中完成的(在shell脚本中，我们添加了许多linux命令、awk/sed/perl行

请为我提供一些如何做到这一点的链接，我将不胜感激。

Answer 1

假设这是我的分析流程:我想用均值MU和标准差SD从正态分布中生成10个数字，然后用它们做其他事情：

MU <- 1  # the mean
SD <- .5 # standard deviation
NUMBER_TO_GENERATE <- 10

x <- rnorm(NUMBER_TO_GENERATE, mean=MU, sd=SD)
# ... more analysis here.

此时，我将这些命令复制粘贴到R终端。有几种方法可以“自动化”这个过程。

1.编写函数

我将我要执行的命令列表包含在一个大函数中，并将我的参数作为函数参数：

myFunction <- function( MU, SD, NUMBER_TO_GENERATE ) {
    x <- rnorm(NUMBER_TO_GENERATE, mean=MU, sd=SD)
    # ... rest of analysis
}

现在在R中，我可以只执行myFunction(1, .5, 10)，将我必须键入的命令数量减少到1。

2.编写脚本

我可以写一个脚本文件myScript.r。这类似于bash脚本，只是它是一个R命令列表。

我可以把我的原始命令列表放在那里，或者我可以把我的函数放在那里，并在底部的myFunction(1,.5,10)中加上一个额外的语句。

然后在R中，我可以这样做：

source('myScript.r')

它将运行脚本中的所有R命令。

3.从shell中

如果您想从shell中获取此脚本，我建议使用一个包含函数的文件myScript.r。

然后查看Rscript (您可以从R内部使用?Rscript )。它默认安装了R，您可以使用它从unix/windows命令行执行R命令。

例如：

[mathematical.coffee@bar ~]$ Rscript -e '1+1'
[1] 2

具体地说，您可以将方法1)和2)与Rscript相结合，以执行以下操作：

[mathematical.coffee@bar ~]$ Rscript -e 'source("myScript.R"); myFunction( 1, .5, 10 )'

来运行你的函数。

当然，您也可以只将myFunction(1, .5, 10)包含在myScript.R中，在这种情况下，您可以只执行Rscript myScript.R。

前者的优点是如果您想要执行shell脚本(我之所以提到这一点，是因为您在问题中提到了bash脚本)。在bash脚本中，我们可以这样做：

#!/bin/bash
MU=1;
SD=.5;
NUM=10;

Rscript -e "source('myScript.r'); myFunction($MU,$SD,$NUM)"

但是，我主张不要将bash脚本与R脚本混合-正如我前面提到的，我之所以提到这个选项，是因为您在问题中提到了bash/unix脚本。

Answer 2

函数可能就是您要查找的函数

foo <- function() {
 data <- data.frame(a=1:10, b=10:1)
 plot(data)

  # many more commands here
}

然后，您只需调用foo()，所有命令都会运行。

有关更深入的信息，请参阅R help。

此外，您可能会对source()感兴趣，请参阅?source。

Answer 3

另一种选择是使用Rscript运行您的程序。命令行中的参数可以通过函数args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)访问(它们以列表的形式返回)

例如，使用上面的matheatical.cafee示例，您的脚本将如下所示

键入'contributors()‘获取更多信息，键入'citation()’了解如何在出版物中引用R或R包。

args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
MU <- as.numeric(args[[1]])  # the mean
SD <- as.numeric(args[[2]]) # standard deviation
NUMBER_TO_GENERATE <- as.integer(args[[3]])

rnorm(NUMBER_TO_GENERATE, mean=MU, sd=SD)
doOtherStuff(x)

然后你可以像Rscript myscript.R 2.0 0.1 100一样调用你的函数

如果你想对参数(例如--filename)做一些更花哨的事情，你可以使用optparse库。http://www.r-bloggers.com/passing-arguments-to-an-r-script-from-command-lines/