HDF5与根框架的集成

Question

我曾广泛使用过ROOT，它有自己的数据文件格式，但由于各种原因，我们希望切换到HDF5文件。不幸的是，我们仍然需要一些在格式之间转换文件的方法。有没有人知道有没有现成的库这样做？

Answer 1

您可以查看rootpy，它有一个通过PyTables：http://www.rootpy.org/commands/root2hdf5.html将根文件转换为HDF5的工具

Answer 2

如果您仍然对这个问题感兴趣，那么最近对rootpy的root2hdf5脚本和root_numpy包( root2hdf5用来将TTrees转换为NumPy结构化数组)有了很大的改进：

root2hdf5 -h
usage: root2hdf5 [-h] [-n ENTRIES] [-f] [--ext EXT] [-c {0,1,2,3,4,5,6,7,8,9}]
                 [-l {zlib,lzo,bzip2,blosc}] [--script SCRIPT] [-q]
                 files [files ...]

positional arguments:
  files

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -n ENTRIES, --entries ENTRIES
                        number of entries to read at once (default: 100000.0)
  -f, --force           overwrite existing output files (default: False)
  --ext EXT             output file extension (default: h5)
  -c {0,1,2,3,4,5,6,7,8,9}, --complevel {0,1,2,3,4,5,6,7,8,9}
                        compression level (default: 5)
  -l {zlib,lzo,bzip2,blosc}, --complib {zlib,lzo,bzip2,blosc}
                        compression algorithm (default: zlib)
  --script SCRIPT       Python script containing a function with the same name 
                        that will be called on each tree and must return a tree or 
                        list of trees that will be converted instead of the 
                        original tree (default: None)
  -q, --quiet           suppress all warnings (default: False)

Answer 3

在我最后一次检查时(几个月前)，root2hdf5有一个限制，它不能处理TBranches，它是数组。出于这个原因，我写了一个bash脚本：root2hdf (很抱歉没有创意的名字)。

它将根文件和文件中TTree的路径作为输入参数，并生成源代码&编译为可在根文件上运行的可执行文件，将它们转换为HDF5数据集。

它也有一个限制，即它不能处理复合TBranch类型，但我不知道root2hdf5也是如此。