如何迭代加载read_pixel和写入envi文件；python3

Question

我想将每个像素的高光谱数据加载到一个数组中，并使用Python3.5再次写出这个像素。我想用这个像素的光谱信息来计算一些东西。

我尝试了两种不同的方法，但都不能以我想要的方式工作。

首先，我已经更新了spectral包，因为上一个版本声明不能迭代地使用envi.save_image，但我的方法仍然不起作用。其次，我的两种方法都不太适合我的double for循环--我知道--如果有人能帮我解决我的问题的话。

第一个：

myfile=open_image('input.hdr')
    for i in range(0,myfile.shape[0]):
        for j in range(0,myfile.shape[1]):
            mypixel = (myfile.read_pixel(i,j))
            envi.save_image('output.hdr', mypixel, dtype=np.int16)

第一个示例没有保存图像，而是给出了错误代码

Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/usr/local/lib/python3.5/site-packages/spyderlib/widgets/externalshell/sitecustomize.py", line 699, in runfile
execfile(filename, namespace)
File "/usr/local/lib/python3.5/site-packages/spyderlib/widgets/externalshell/sitecustomize.py", line 88, in execfile
exec(compile(open(filename, 'rb').read(), filename, 'exec'), namespace)
File "/dtc/Python/Masking.py", line 132, in <module>
envi.save_image('test.hdr', mypixel, dtype=np.int16)#, metadata=myfile.metadata)
File "/usr/local/lib/python3.5/site-packages/spectral/io/envi.py", line 415, in save_image
data, metadata = _prepared_data_and_metadata(hdr_file, image, **kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.5/site-packages/spectral/io/envi.py", line 568, in _prepared_data_and_metadata
add_image_info_to_metadata(image, metadata)
File "/usr/local/lib/python3.5/site-packages/spectral/io/envi.py", line 613, in add_image_info_to_metadata
metadata['samples'] = image.shape[1]
IndexError: tuple index out of range 

第二个：

myfile=open_image('input.hdr')
envi.create_image('test.hdr',ext='.bip', interleave='bip',dtype='h',force=True,metadata=myfile.metadata)
open('test.bip', 'w').close() # empties the  created file

file = open('test.bip', 'ab')#ab #opens the created file for appending the new bands

for i in range(0,myfile.shape[0]):
    for j in range(0,myfile.shape[1]):
        mypixel = (myfile.read_pixel(i,j))
        file.write(mypixel) 
file.close()
myfile.close()

第二个例子保存了图像，但以不同的顺序存储Pixel，并弄乱了我的图像。

Answer 1

这是一个非常简短、快速和简单的解决方案，这要归功于一位同事。

myfile=envi.open('input.hdr') #opens image for calculating with it

    imageArray = 10000*myfile[:,:,:] #do some math with it; 

    #10000* is needed because input data are thresholded between {0;10000} 
    #and during processing get thresholded between {0;1}. 
    #For preventing 0 in the output with datatype int the thresholding to {0;10000} is necessary again

envi.save_image('test.hdr',imageArray,dtype=np.int16,metadata=myfile.metadata,force=True)

Answer 2

我必须提前说一句，我不熟悉spectral软件包和envi，因此不幸的是无法提供现成的解决方案。此外，我不确定我是否正确地理解了你试图用你的形象做什么。

但是只有一些想法: for循环中的write/save函数是否会导致您的问题，因为每个像素都被以完全相同的方式处理并被覆盖？不过，我不能与IndexError产生共鸣。

也许你需要一个函数，在这个函数中，你可以将某个像素写到一个空图像中，同时传递i和j。第二个选择是将每个像素保存在一个数组中，并在for循环之后立即将其保存到图像中。