R中的Recenter热图2

Question

我使用下面的代码来生成一个热图，使用R的heatmap.2。key="F“去掉了顶部的颜色键。但是，绘图不会重新缩放，在先前由颜色键占据的位置上留下一个空白。我如何通过消除顶部的空格来重新居中绘图？

dImp_heatmap <- heatmap.2(dSet_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = cm.colors(20), dendrogram="none",trace="none", key="F",margins=c(1,8),colsep=c(1:6),rowsep=(1:62),sepwidth=c(0.05,0.05), sepcolor="white", cellnote=round(dSet_matrix,digits=2),notecol="black",notecex=0.7,scale="column")

Answer 1

如果您仔细阅读?heatplot.2的文档，您将在参数列表的底部看到以下内容：

lmat，lhei，lwid可视化布局:位置矩阵，列高，列宽。详情见下文

其中的细节如下：

可以通过为lmat、lwid和lhei指定适当的值来覆盖此布局。lmat控制每个元素的相对位置，lwid控制列宽，lhei控制行高。有关如何使用这些参数的详细信息，请参阅布局的帮助页面。

举个例子：

data(mtcars)
 x  <- as.matrix(mtcars)
 rc <- rainbow(nrow(x), start=0, end=.3)
 cc <- rainbow(ncol(x), start=0, end=.3)

 ##
 ## demonstrate the effect of row and column dendrogram options
 ##
 gplots:::heatmap.2(x,key = FALSE,dendrogram = "row",lhei = c(0.05,0.95))

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我想设置lwid也会有类似的行为。虽然我应该补充说，如果您包括两个树状图，那么左上角的空间是必要的，以便为树状图腾出空间。