如何将MCMC诊断转换为Latex表？

Question

我正在使用coda包来计算我的MCMC的汇总统计信息。但是，似乎没有将打印的摘要转换为Latex表的选项。我尝试过stargazer，并将summary.mcmc结果转换为数据帧。两次尝试都失败了。

下面是一个可重复使用的示例：

library(coda)
mock_mcmc <- mcmc(rnorm(1000))
summary(mock_mcmc)

summary.mcmc将打印出来

1. Empirical mean and standard deviation for each variable,
   plus standard error of the mean:

          Mean             SD       Naive SE Time-series SE 
       0.03180        0.98715        0.03122        0.03368 

2. Quantiles for each variable:

    2.5%      25%      50%      75%    97.5% 
-1.89794 -0.65289  0.02952  0.67396  1.97158 

如何将结果表输出到Latex文件中？我知道可以手工计算汇总统计数据，但我很好奇是否有一个我不知道的方便的尾部特性。

Answer 1

我不知道是否有一种方法可以用尾巴来实现。下面的方法通过将对象转换为数据帧，然后重新运行xtable，为mcmc对象定义了xtable的方法。

library(coda)
library(dplyr)
library(magrittr)
library(xtable)

xtable.summary.mcmc = function(x, ...)
  x %>%
  use_series(statistics) %>%
  c(x %>%
      use_series(quantiles) ) %>%
  as.list %>%
  dplyr::as_data_frame() %>%
  xtable(...)

1000 %>% 
  rnorm %>% 
  mcmc %>% 
  summary %>%
  xtable                    

Answer 2

关键是从输出中提取相关的数量。要找到合适的数量，请使用R中的names()函数。

library(coda)
library(xtable)

mock_mcmc = mcmc(rnorm(1000))
s = summary(mock_mcmc)

stats_table = xtable(as.data.frame(t(s$statistics)))
quant_table = xtable(as.data.frame(t(s$quantiles)))

print(stats_table, file="stats_table.tex")
print(quant_table, file="quant_table.tex")