使用Graphviz和neato时在群集边界和节点之间进行填充

Question

我想在Graphviz中生成以下图形：

​

​

对于here解释的原因，这是：

digraph
{
   layout=dot;
   rankdir="LR";
   overlap = true;
   node[shape=record, height="0.4", width="0.4"];
   edge[dir=none];

   A; B; C; D; E; F; G; H; I;

   A -> B -> C;
   D -> E -> F;
   G -> H -> I;
   edge[constraint=false];
   A -> D -> G;

   subgraph clusterX
   {
      label="Cluster 1";
      A; B;
   }

   subgraph clusterY
   {
      label="Cluster 2";
      E; F; H; I;
   }

}

生成以下内容：

​

​

下面是some careful tweaking of the order of appearance of nodes：

   F; E; I; H; D; G; A; B; C;

我得到了正确的结果。

虽然这样可以工作，但我想更直接地控制节点的位置，所以我尝试切换到neato，这样我就可以使用pos强制节点位置：

graph g
{
   layout=neato;
   node[shape=record, height="0.4", width="0.4"];
   edge[dir=none];

   A [pos="1,3!"];
   B [pos="2,3!"];
   C [pos="3,3!"];
   D [pos="1,2!"];
   E [pos="2,2!"];
   F [pos="3,2!"];
   G [pos="1,1!"];
   H [pos="2,1!"];
   I [pos="3,1!"];

   A -- B -- C;
   D -- E -- F;
   G -- H -- I;
   A -- D -- G;

   subgraph clusterX
   {
      label="Cluster 1";
      A;
      B;
   }

   subgraph clusterY
   {
      label="Cluster 2";
      E; F; H; I;
   }
}

这将产生以下结果：

​

​

如何让neato在集群边界和集群内的节点之间添加填充(与dot的方式相同)？

Answer 1

我讨厌成为一个扫兴的人，但我不认为固定位置和集群的neato方法会成功。

群集支持取决于布局引擎- not all engines support it to the same degree

请注意，无论好坏，聚类子图都不是点语言的一部分，而只是某些布局引擎遵守的语法约定。

Neato does not seem to be a part of the engines supporting clusters，虽然fdp确实支持neato like layout，但它支持not support fixed positions。

在上面链接的论坛条目中，ERG建议在某个时候使用gvpr脚本来实现这一点-可能不是你所想的解决方案。

顺便说一句，这个图不应该是有向图，我得到了警告，并用--替换了所有的->。

Answer 2

在每个集群周围添加一个周围的集群，将其样式设置为"invis“，并将其边距设置为集群之间想要的额外空间。点文件将如下所示：

digraph
{
   layout=dot;
   rankdir="LR";
   overlap = true;
   node[shape=record, height="0.4", width="0.4"];
   edge[dir=none];

   A; B; C; D; E; F; G; H; I;

   A -> B -> C;
   D -> E -> F;
   G -> H -> I;
   edge[constraint=false];
   A -> D -> G;

   subgraph clusterX_margin
   {
     style=invis
     margin=20.0
     subgraph clusterX
     {
        label="Cluster 1";
        A; B;
     }
   }

   subgraph clusterY_margin
   {
     style=invis
     margin=20.0
     subgraph clusterY
     {
        label="Cluster 2";
        E; F; H; I;
     }
   }
}