使用对比包对lm进行对比

Question

我正在使用contrast包在R中构建lm的对比度。通过下面的代码，我对Trt1和Trt3进行了对比。

Y <- c(10, 12, 14, 16, 9, 8)
Trt <- gl(n=3, k=2, length=3*2)
Data1 <- data.frame(Y, Trt)

Data1.lm <- lm(Y~Trt, data = Data1)

library(contrast)
Contrs1 <- contrast(Data1.lm, a=list(Trt="1"), b=list(Trt="3"), type = "average")
print(Contrs1, X=TRUE)

我想在(Trt1和Trt2)和Trt3的平均值之间做一个对比。我使用了下面的代码

Contrs2 <- contrast(Data1.lm, a=list(Trt="1", Trt="2"), b=list(Trt="3"), type = "average")
print(Contrs2, X=TRUE)

lm model parameter contrast

  Contrast     S.E.    Lower    Upper    t df Pr(>|t|)
1      6.5 1.224745 2.602315 10.39768 5.31  3   0.0131

Contrast coefficients:
  (Intercept) Trt2 Trt3
1           0    1   -1

我可以看出这不是想要的对比。我想知道如何与R中的contrast包形成正确的对比。在这方面的任何帮助都将受到高度的感谢。谢谢

附注:我知道在R中使用aov函数的对比矩阵，但是对于这个特殊的问题，我想使用contrast软件包。

Answer 1

您应该将包含的治疗级别指定为矢量(Trt=c("1","2"))，而不是列表。我通过查看?contrast.lm中的示例了解了这一点(尽管无可否认，它有助于了解您正在寻找的是什么)：

Contrs2 <- contrast(Data1.lm, a=list(Trt=c("1","2")), b=list(Trt="3"),
                    type = "average")
print(Contrs2, X=TRUE)
## lm model parameter contrast
##   Contrast    S.E.    Lower    Upper    t df Pr(>|t|)
## 1      4.5 1.06066 1.124506 7.875494 4.24  3    0.024