从Mathematica调用ImageJ

Question

在Mathematica中，我希望将图像传递给ImageJ插件，并将结果从ImageJ发送到Mathematica。

JLink是有帮助的工具，但我既不熟悉它，也不熟悉ImageJ (这使得我很难在SO上利用现有的相关问题)。你知道怎么做吗？

(我已经在我的苹果电脑上安装了ImageJ。)

Answer 1

这应该只是为了向你展示，这并不像它看起来那么难。没有办法，你必须熟悉Java，ImageJ，是的，还有JLink。

下面是如何开始的:您需要可以从the ImageJ Website下载的ImageJ java归档ij.jar。这个jar包含ImageJ自己使用的所有类和函数。

您要做的是创建一个映像，而不是通过ImageJ-GUI打开它，而是使用Java方法。为此，您必须熟悉ImageJ-API，以了解如何从数字数组创建图像，因为这就是我们想要将Mathematica- image转换为Java的方式。浏览本文档将我带到了ImageProcessor classes。如您所见，它们提供了两个方法：setPixels和getPixels，并且都接受简单的数组。让我们使用它并编写一个非常基本的过滤器：

import ij.process.FloatProcessor;

public class SimpleTest {

    public static float[] func(float []bm, int nx, int ny) {
        FloatProcessor p = new FloatProcessor(nx,ny);
        p.setPixels(bm);
        float[] kernel = new float[{0.111f,0.111f,0.111f,0.111f,
                                    0.111f,0.111f,0.111f,0.111f,0.111f};
        p.convolve(kernel, 3, 3);
        return (float[]) p.getPixels();
    }
}

此函数获取图像数据和图像尺寸，进行卷积并返回过滤后的图像数据。要编译这段代码，请记住ij.process.FloatProcessor位于ij.jar内部。您必须在类路径中包含此归档文件。稍后，您必须确保JLink同时找到ij.jar和您的SimpleTest.class。我通常也会把我的类打包在一个罐子里。为此，我将其称为simple.jar。

虽然java端现在已经准备就绪，但我们需要几行代码来从Mathematica图像中提取图像数据和尺寸。

img = ColorConvert[ExampleData[{"TestImage", "Lena"}], "Grayscale"];
{nx, ny} = ImageDimensions[img];
data = ImageData[img] // Flatten;

我们现在要做的是将平面整数数组data发送给我们的Java函数，获取结果并构建输出图像。要让Mathematica找到您的jar归档文件，一种方法是调用AppendToClassPath

Needs["JLink`"]
AddToClassPath["/pathTo/ij.jar","pathTo/simple.jar"];

simpleTest = LoadJavaClass["SimpleTest", StaticsVisible -> True];
output = SimpleTest`func[data, nx, ny];
Image[Partition[output, nx]]

有了这最后一步，我们完成了这个循环，并得到了最终的结果。

结束语：

• 你也许应该(这意味着“去做”)使用JLink用来编译你的代码的java版本。
• 在ij.jar中已经有了插件。这不会包括所有可用的内容。但是请记住:ImageJ只是调用ij.jar中的方法来使用辅助插件，所以您可以对您的代码执行相同的操作。