编译和安装cantera python模块时出现问题

Question

我正在尝试将Cantera作为一个python模块安装在Ubuntu linux中。作为参考，我使用了以下说明：Installing Cantera。在运行./preconfig和make之后，我得到以下错误：

fatal error: numarray/arrayobject.h: No such file or directory

根据预配置文件，

# If numpy was installed using the --home option, set this to the
# home directory for numpy. This will be needed for all numpy installations
# that don't put the include files into python's native include directory.
#NUMPY_HOME=${NUMPY_HOME:="$HOME/python_packages"}

我使用的是Enthought Python Distribution的学生版，所以我想也许我需要将最后一行改为：

NUMPY_HOME=${NUMPY_HOME:="/usr/local/EPD/lib/python2.7/site-packages/"}

但这是行不通的。我仍然得到相同的错误。有什么想法？我安装python-dev是为了修复之前的一个bug，所以不是这样的。

Answer 1

我找到了一个解决方法。通过遵循我之前遵循的these instructions，我让它工作了。不同之处在于，上次我下载了tar.gz文件，而这次我使用的是subversion存储库，我猜它可能更新。无论如何，它起作用了，我也不需要改变默认的python命令。

编辑:我确实需要将其从默认更改为：

PYTHON_CMD=${PYTHON_CMD:="/usr/local/EPD/bin/python"}

我想这是一个好主意，也张贴说明，以便他们可以在这里提供给其他用户：

第一步是安装任何依赖项。这是由apt-get处理的: sudo apt- get install subversion g++ gfortran python2.6-dev python-numpy libsundials* graphviz下一步是获取cantera的源代码。这可以通过从cantera站点下载cantera-1.8.0-beta-tar.gz来完成，我们可以从svn svn checkout http://cantera.googlecode.com/svn/cantera18/trunk/ cantera检查最新版本。更改cantera目录( svn checkout或untarred/gunzipped cantera-1.8.0)编辑名为preconfig的文件，并通过注释/编辑PYTHON_PACKAGE=${PYTHON_PACKAGE:="full"} USE_NUMPY=${USE_NUMPY:="y"} SUNDIALS_VERSION=${SUNDIALS_ version :='2.3'}确保包含以下行

Then in a terminal run the following commands:
./preconfig
make
sudo make install
source ~/setup_cantera
If every thing went well you should be able to import the Cantera module in python:
python
>>>from Cantera import *

Answer 2

你的Ubuntu机器上可能有几个Python发行版。为了使用EPD安装Cantera，您应该明确地告诉它要使用哪个发行版：

PYTHON_CMD=${PYTHON_CMD:="/usr/local/EPD/bin/python"}

每个发行版都有自己的site-packages目录，因此通过指定PYTHON_CMD，还可以指定要使用的site-packages。安装Numpy时，它还会安装从Numarray到site-packages/numpy/core/include/numpy的接口，因此无需下载Numarray。此外，numpy安装在EPD的site-packages目录中，因此NUMPY_HOME (仅当numpy未安装在默认目录中时使用)应保持不变。希望这能有所帮助。

Answer 3

我们从来没有通过在pre_config中设置包含变量来让它工作。相反，我们会这样做：

...
USE_NUMPY=${USE_NUMPY:="y"}

if [ "$USE_NUMPY" = "y" ]; then
    export NUMPY_INC_DIR=`python -c 'import numpy; print numpy.get_include()'`
fi

自从我们开始包含它以来，就没有任何问题了。