Plyr用于刀切式数据子设置

Question

我正在试着用Plyr来运行一把刀。我有一个很大的数据集( 10年内有715个站点)。我已经计算了每年的物种丰富度(存在的所有物种的数量)，但现在我想计算新的丰富度值，在一次取出一个物种并将它们都放在一个数据集中之后。

示例数据：

Site <- c(1,1,1,1,1,1)
Year <- c(96,96,96,97,97,97)
SpID <- c(1,2,3,1,2,3)
Count <- c(1,1,1,1,1,1)
data <- cbind(Site, Year, SpID)

因此，总体而言，站点1的物种丰富度在两年中都是3。如果我想在没有一个物种的情况下重新计算它，它现在应该是2。

我已经尝试使用以下代码：

foo<-function(z){
    data2 <- subset(data, SpID != (z))
    summaryBy(Count~ Year + Site, 
              data = data2, 
              FUN = function(x) { c(l = length(x)) } )
}

richall<- ddply(data,.(SpID),foo)

但很明显我在某处犯了个错误！有什么想法吗？

Answer 1

使用您的示例数据和对ddply的调用，将会发生以下情况：

• ddply将在dataset的SpID列(1、2和3)中找到不同的值。
• 接下来，它将为每个唯一值创建一个data.frame。
• 这些代码中的每一个都将仅包含其代码等于该唯一值的行(因此:现在将调用具有第一行和第四行、第二行和第五行以及第三行和最后一行rows)
• Function的data.frame，每次传递一个data.frame作为第一个参数

< SpID >F215data.frame>

因此，现在很明显，这将不会有助于做刀锋。事实上，我没有看到使用plyr实现这一点的明显方法。在这种特殊情况下，您最好使用类似的逻辑来操纵您自己的逻辑。类似于：

listOfResults <- 
    lapply(unique(data$SpID), 
           function(curID) {
               curDF<-data[data^SpID!=curID,]
               summaryBy(...,data=curDF)
           })

然后你可以用?do.call重新组合你的结果。