用多种颜色标记ggdendro叶子

Question

我有这样一种情况，我正在绘制一个带有类标签的数据点的树状图。我希望看到凝聚聚类将具有相同标签的那些分组在一起。标签的颜色编码使得阅读这样的树状图变得很容易。有没有办法在R中使用ggdendro来实现这一点？

Answer 1

正在从this post窃取大部分设置...

library(ggplot2)
library(ggdendro)
data(mtcars)
x <- as.matrix(scale(mtcars))
dd.row <- as.dendrogram(hclust(dist(t(x))))
ddata_x <- dendro_data(dd.row)

p2 <- ggplot(segment(ddata_x)) +
  geom_segment(aes(x=x, y=y, xend=xend, yend=yend))

..。再加上一个分组因子...

labs <- label(ddata_x)
labs$group <- c(rep("Clust1", 5), rep("Clust2", 2), rep("Clust3", 4))
labs
#     x y text  group
# 1   1 0 carb Clust1
# 2   2 0   wt Clust1
# 3   3 0   hp Clust1
# 4   4 0  cyl Clust1
# 5   5 0 disp Clust1
# 6   6 0 qsec Clust2
# 7   7 0   vs Clust2
# 8   8 0  mpg Clust3
# 9   9 0 drat Clust3
# 10 10 0   am Clust3
# 11 11 0 gear Clust3

..。您可以使用geom_text()的aes(colour=)参数为标签着色：

p2 + geom_text(data=label(ddata_x),
               aes(label=label, x=x, y=0, colour=labs$group))

​

​

(如果您想提供自己的颜色，可以使用scale_colour_manual()，执行以下操作：

p2 + geom_text(data=label(ddata_x),
               aes(label=label, x=x, y=0, colour=labs$group)) +
     scale_colour_manual(values=c("blue", "orange", "darkgreen"))