将作业数组索引作为drmaa-python中的参数进行传递

Question

我正在使用lsf-drmaa实现，并通过drmaa-python进行接口。我通常将环境变量$LSB_JOBINDEX作为参数传递给我的run.sh脚本。通过drmaa-python，我创建了JobTemplate jt，并希望将其作为参数传递。我已经尝试过使用PARAMETRIC_INDEX，但是这个命令不适用于我：jt.args = [str(drmaa.JobTemplate.PARAMETRIC_INDEX)]。

我收到以下错误：

W #29c0 [  1227.22]  * '$drmaa_incr_ph$' can not be expanded in '$drmaa_incr_ph$'; removing from string

我在哪里出错了，和/或我如何使用另一种方法传入索引？谢谢--

Answer 1

您应该能够通过环境变量$SGE_TASK_ID引用(在运行脚本中) PARAMETRIC_INDEX的值。在提交相应的作业时，qmaster负责使用脚本中的每个数组索引值扩展/填充$SGE_TASK_ID。