如何根据某些列的标准差对R数据框进行排序？

Question

在R中，我有一个包含9个命名列的数据框，用于描述实验数据。第一列包含基因名称，下面8列包含基因表达值。最终目标是根据表达式值的标准差对数据帧进行排序。

基本上，我想计算第2列到第9列的标准差，并根据这些值对整个数据帧进行排序。我该怎么做呢？

我的第一个想法是使用标准差添加第十列，使用sd()函数计算，然后对表进行排序，最后再次删除第十列。但我想不出该怎么做。

Answer 1

关键命令是：apply、order和一些行重新排列。

##Create some dummy data
##You should always try and include some test data in your questions
R> dd = as.data.frame(matrix(rnorm(80), ncol=8))
R> dd = cbind(GENE = LETTERS[1:10], dd)
R> head(dd, 2)
   GENE    V1     V2      V3      V4      V5     V6      V7      V8
 1    A 1.693 1.2977  1.2220  0.4877 -1.7076 1.7796  0.7980 0.08643
 2    B 1.987 0.1545 -0.2173 -0.5959  0.7274 0.2757 -0.5391 0.56054

##Work out the sd for columns 2 to 9 using apply
##Use "order" to reorder the rows
R> dd1 = dd[order(apply(dd[,2:9], 1, sd)),]
##Check the new order
R> apply(dd1[,2:9], 1, sd)
     8      7      5      9      2      1      4      6     10      3 
0.5197 0.7128 0.8149 0.8210 0.8624 0.8808 0.9804 1.2058 1.5086 1.6191 
R> head(dd1, 2)
  GENE      V1      V2     V3      V4      V5      V6       V7       V8
8    H -0.3869  0.6206  0.279 -0.3867 -0.4915 -1.0979 -0.07696 -0.09097
7    G -1.2966 -1.1279 -1.082 -0.4739  0.2717 -0.1365  0.38614  0.38445

Answer 2

这是计算列标准差的最快、最短的方法：

colSds = sqrt(diag(cov(data_matrix)))

由于协方差矩阵的对角线由每个变量的方差组成，因此我们执行以下操作：

使用cov

• Extract计算协方差矩阵，使用diag

• Take计算矩阵的对角线，使用sqrt计算对角线的平方根，以获得标准差

然后，您可以使用colSds[column_index]来获取特定的列sd。