Python SciPy需要BLAS吗？

Question

numpy.distutils.system_info.BlasNotFoundError: 
    Blas (http://www.netlib.org/blas/) libraries not found.
    Directories to search for the libraries can be specified in the
    numpy/distutils/site.cfg file (section [blas]) or by setting
    the BLAS environment variable.

我需要从这个站点下载哪个tar？

我尝试过fortrans，但一直收到这个错误(显然是在设置了环境变量之后)。

Answer 1

SciPy webpage过去常常提供构建和安装说明，但那里的说明现在依赖于OS二进制发行版。要在没有所需库的预编译包的操作系统上构建SciPy (和NumPy)，必须构建并静态链接到Fortran库BLAS和LAPACK

mkdir -p ~/src/
cd ~/src/
wget http://www.netlib.org/blas/blas.tgz
tar xzf blas.tgz
cd BLAS-*

## NOTE: The selected Fortran compiler must be consistent for BLAS, LAPACK, NumPy, and SciPy.
## For GNU compiler on 32-bit systems:
#g77 -O2 -fno-second-underscore -c *.f                     # with g77
#gfortran -O2 -std=legacy -fno-second-underscore -c *.f    # with gfortran
## OR for GNU compiler on 64-bit systems:
#g77 -O3 -m64 -fno-second-underscore -fPIC -c *.f                     # with g77
gfortran -O3 -std=legacy -m64 -fno-second-underscore -fPIC -c *.f    # with gfortran
## OR for Intel compiler:
#ifort -FI -w90 -w95 -cm -O3 -unroll -c *.f

# Continue below irrespective of compiler:
ar r libfblas.a *.o
ranlib libfblas.a
rm -rf *.o
export BLAS=~/src/BLAS-*/libfblas.a

只执行五个g77/gfortran/ifort命令中的一个。我已经注释掉了所有的代码，除了我使用的gfortran。后续的LAPACK安装需要Fortran 90编译器，而且由于两个安装都应该使用相同的Fortran编译器，所以g77不应该用于BLAS。

接下来，您将需要安装LAPACK内容。SciPy网页的说明在这里也对我有帮助，但我必须修改它们以适应我的环境：

mkdir -p ~/src
cd ~/src/
wget http://www.netlib.org/lapack/lapack.tgz
tar xzf lapack.tgz
cd lapack-*/
cp INSTALL/make.inc.gfortran make.inc          # On Linux with lapack-3.2.1 or newer
make lapacklib
make clean
export LAPACK=~/src/lapack-*/liblapack.a

2015年9月3日更新:今天验证了一些评论(感谢所有人)：在运行make lapacklib之前，编辑make.inc文件并将-fPIC选项添加到OPTS和NOOPT设置中。如果您使用的是64位体系结构，或者想要针对64位体系结构进行编译，还可以添加-m64。编译BLAS和LAPACK时应将这些选项设置为相同的值，这一点很重要。如果您忘记了-fPIC，SciPy实际上会给您一个关于缺少符号的错误，并建议您使用此开关。在我的设置中，make.inc的特定部分如下所示：

FORTRAN  = gfortran 
OPTS     = -O2 -frecursive -fPIC -m64
DRVOPTS  = $(OPTS)
NOOPT    = -O0 -frecursive -fPIC -m64
LOADER   = gfortran

在旧机器(如RedHat 5)上，gfortran可能安装在旧版本(如4.1.2)中，无法理解选项-frecursive。在这种情况下，只需从make.inc文件中删除它即可。

Makefile的lapack测试目标在我的设置中失败了，因为它找不到blas库。如果您是彻底的，您可以临时将blas库移动到指定的位置以测试lapack。我是一个懒惰的人，所以我相信开发人员会让它工作，并只在SciPy中验证。

Answer 2

如果您需要使用最新版本的SciPy，而不是打包的版本，而不需要经历构建BLAS和LAPACK的麻烦，您可以遵循以下过程。

从存储库安装线性代数库(适用于Ubuntu)，

sudo apt-get install gfortran libopenblas-dev liblapack-dev

然后安装SciPy (在下载SciPy源代码之后)：python setup.py install或

pip install scipy

视具体情况而定。

Answer 3

在Fedora上，这是可行的：

 yum install lapack lapack-devel blas blas-devel
 pip install numpy
 pip install scipy

记住除了安装'blas‘和'lapack’之外还要安装'lapack-devel‘和'blas-devel’，否则你会得到你提到的错误或者"numpy.distutils.system_info.LapackNotFoundError“错误。