R中的Cox比例风险模型和时间依赖的Cox模型

Question

我有一个survival data，它描述了三种类型的服务(酒吧、餐馆和快递)在十年时间内的死亡率。

数据包含三个变量:服务类型(1=saloon、2=restaurant和3=express)、年份(1到11的整数，其中11表示大于10年)和审查。

我有两个问题：

1)我已经拟合了Cox比例风险模型，但是有什么方法可以检验比例风险假设呢？也就是说，我们假设每个人的危险比率和基线危险与时间无关。

2)如何在R中拟合时间依赖的Cox模型？

下面是我的代码：

   #Cox Proportional Hazards
   cox <- coxph(Surv(Years, Censor) ~ data$`Service Type` )
   summary(cox)

Answer 1

pkg存活期中的cox.zph函数检查相称性。请注意，使用“服务类型”作为列名提供了编程麻烦，通过允许用句点替换空格可以很容易地避免这些麻烦，这是read.table的默认操作：

data <- read.table(url("http://www.stat.ufl.edu/~winner/data/bizmort.dat"), col.names=c("Service Type","Years",  "Censor")
# Also note that the censoring indicatior is reversed so will use 1-Censor
require(survival)

cox <- coxph(Surv(Years, 1-Censor) ~ factor(Service.Type), data=data )
# The test fro proportionality:

> cox.zph(cox)
                         rho chisq     p
factor(Service.Type)2 0.0306  0.98 0.322
factor(Service.Type)3 0.0429  1.91 0.167
GLOBAL                    NA  2.33 0.312