使用nipype将调情记录应用于其他图像错误

Question

我正在尝试使用nipype包在python中进行一些注册。它适用于基本注册：

from nipype.interfaces import fsl
from nipype.testing import example_data
flt = fsl.FLIRT(bins=640, cost_func='mutualinfo')
flt.inputs.in_file = 'myInput.img'
flt.inputs.reference = 'myReference.img'
flt.inputs.out_file = 'moved_subject.nii'
flt.inputs.out_matrix_file = 'subject_to_template.mat'
res = flt.run() 

这产生了一个成功的注册。但是，我正在尝试使用输出的flt.inputs.out_matrix_file = 'subject_ to _template.mat‘将这种配准转换应用于与输入核磁共振相同空间中的非大脑图像。

我尝试了以下几种方法：

from nipype.interfaces import fsl
flt = fsl.FLIRT(bins=640, cost_func='mutualinfo')
flt.inputs.in_file = 'myNonBrainImage.img'
flt.inputs.reference = 'myReference.img'
flt.inputs.out_file = 'regNonBrain.nii'
flt.inputs.in_matrix_file = 'subject_to_template.mat'
flt.inputs.apply_xfm = True
res = flt.run() 

希望flt.inputs.in_matrix_file和flt.inputs.apply_xfm = True标志将覆盖标准注册，只使用矩阵来注册额外的图像，但我得到了这个错误：

INFO:interface:stderr 2011-08-10T14:59:17.307116:Unrecognised option D
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/bin/python27/lib/python2.7/site-packages/nipype-0.4.1-py2.7.egg/nipype/interfaces/base.py", line 775, in run
    runtime = self._run_interface(runtime)
  File "/usr/bin/python27/lib/python2.7/site-packages/nipype-0.4.1-py2.7.egg/nipype/interfaces/base.py", line 1050, in _run_interface
    self.raise_exception(runtime)
  File "/usr/bin/python27/lib/python2.7/site-packages/nipype-0.4.1-py2.7.egg/nipype/interfaces/base.py", line 1027, in raise_exception
    raise RuntimeError(message)
RuntimeError: Command:
flirt -in RF8869_3D_XRT_Dose_CT_A.img -ref clo010809T1Gd.img -out regDose.nii -omat /root/Desktop/Test Data/RF8869_3D_XRT_Dose_CT_A_flirt.mat -applyxfm -bins 640 -searchcost mutualinfo -init subject_to_template.mat
Standard output:

Standard error:
Unrecognised option D
Return code: 255
Interface FLIRT failed to run. 

你知道为什么和如何才能解决这个问题吗？

Answer 1

目录/文件名中有一个空格，其中包含您的图像：

/root/Desktop/测试数据

将测试数据重命名为Test_Data，它将正常工作