R使用ggbiplot绘制PCA得分

Question

我正在尝试使用ggbiplot绘制PCA分数，但由于我的分数和分组之间不匹配，所以我无法绘制。我认为不匹配的原因是我的原始对数转换数据中的NA值(我在计算PC时忽略了这些值)。有没有办法绕过这个问题，这样我就可以用ggbiplot绘图了？

GCelem_trans.pca<-prcomp(na.omit(GCelem_trans.log), center=TRUE, scale=TRUE)
GCelem.rxtp <- GCelem[, 9]


g <- ggbiplot(GCelem_trans.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
                  groups = GCelem.rxtp, ellipse = TRUE, 
                  circle = TRUE)
    Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, "groups", value = c(2L, 5L, 5L, 2L,  : 
      replacement has 33337 rows, data has 30804

我是否应该根据省略任何包含NAs的行的GCelem拷贝来重新计算GCelem.rxtp？

Answer 1

您可以尝试使用：

GCelem.rxtp <- GCelem[complete.cases(GCelem_trans.log), 9]