如何在R中创建随机列联表？

Question

我想在给定固定的行和列边缘的情况下创建随机的双向联想表。假设我有一个这样的表：

      A   C   G   T
  A  79   6  13  53
  C  16   7   6  17
  G   9   3   1   6
  T  58  28  18 114

使用给定的行边距：

  A   C   G   T 
151  46  19 218 

和列边距：

  A   C   G   T 
162  44  38 190 

我想创建一个随机列联表，例如：

   A  C  G  T
A 49 16 10 76
C 23  2  6 15
G 11  0  1  7
T 79 26 21 92

它保留了这些边缘部分。

由于n在本例中并不太大，因此我尝试通过"untabling“边缘向量来实现这一点，即通过将边缘转换为以下形式的向量

A A A ...C C C ... G G G ... T T T 

然后把它们排列起来放在桌上。

我目前使用的"untabling“方法是非常不自然和低效的，我很好奇是否有更好的方法。某些内置函数必须创建随机列联表，例如当simulate.p.value=TRUE时为chisq.test。随机列联表结构也是内置的吗？

提前感谢您的任何建议。

Answer 1

我不完全确定你所说的“untabling”是什么意思，因为你实际上没有指定你当前正在使用的方法，我不能确定这不是你当前正在做的事情。

但是给定(162, 44, 38, 190)的边缘部分，您可以通过执行以下操作“重新创建”该向量：

rep(c('A','C','G','T'),times = c(162, 44, 38, 190))

然后您可以根据需要对其进行置换。

Answer 2

很抱歉，@joran的答案不正确。他的公式正确地模拟了具有正确列合计的表，但OP要求模拟同时考虑行合计和列合计。W.M.Patefield在1981年提出了解决方案。算法AS159。一种在给定行和列总数的情况下生成r x c表的有效方法。应用统计学，30。91-97

Patefield的算法在基本R函数r2dtable()中实现。