我能告诉ggpairs使用对数刻度吗？

Question

我是否可以为GGally包中的ggpairs函数提供一个参数，以便对某些(而不是所有)变量使用日志刻度？

Answer 1

您不能提供这样的参数(原因是创建散点图的函数是没有缩放的预定义函数，请参见ggally_points)，但您可以在以后使用getPlot和putPlot更改缩放。例如：

custom_scale <- ggpairs(data.frame(x=exp(rnorm(1000)), y=rnorm(1000)),
upper=list(continuous='points'), lower=list(continuous='points'))
subplot <- getPlot(custom_scale, 1, 2) # retrieve the top left chart
subplotNew <- subplot + scale_y_log10() # change the scale to log
subplotNew$type <- 'logcontinuous' # otherwise ggpairs comes back to a fixed scale
subplotNew$subType <- 'logpoints'
custom_scale <- putPlot(custom_fill, subplotNew, 1, 2)

Answer 2

这基本上与Jean-Robert的答案相同，但看起来要简单得多(可接近)。我不知道这是不是一个新特性，但看起来你不再需要使用getPlot或putPlot了。

custom_scale[1,2]<-custom_scale[1,2] + scale_y_log10() + scale_x_log10()

这是一个在一个大矩阵上应用它的函数。提供绘图中的行数和绘图的名称。

scalelog2<-function(x=2,g){  #for below diagonal
 for (i in 2:x){ 
    for (j in 1:(i-1)) { 
      g[i,(j)]<-g[i,(j)] + scale_x_continuous(trans='log2') +
scale_y_continuous(trans='log2')
                        } } 
 for (i in 1:x){  #for the bottom row 
      g[(x+1),i]<-g[(x+1),i] + scale_y_continuous(trans='log2') 
                       } 
 for (i in 1:x){ #for the diagonal
      g[i,i]<-g[i,i]+ scale_x_continuous(trans='log2')  } 
  return(g) }

Answer 3

在将相关系数提供给ggpairs之前，最好使用适当的线性刻度和对数转换变量，因为这避免了相关系数(在对数转换之前或之后)的计算方式不明确。这可以很容易地实现，例如：

library(tidyverse)

log10_vars <- vars(ends_with(".Length"))             # define variables to be transformed

iris %>%                                             # use standard R example dataframe
  mutate_at(log10_vars, log10) %>%                   # log10 transform selected columns
  rename_at(log10_vars, sprintf, fmt="log10 %s") %>% # rename variables accordingly
  GGally::ggpairs(aes(color=Species))

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