患者间fMRI脑图像配准的Matlab语言和Python语言

Question

因此，我使用SPM在同一患者之间配准fMRI脑图像；然而，我在患者之间配准图像时遇到了问题。

从本质上讲，我希望将脑图谱注册到特定于患者的扫描，这样我就可以进行一些图像修补。所以注册，然后将变形和变换应用于任意数量图像。

SPM在这样的注册中失败。它不能将地图集扭曲成与病人的大脑相同的大脑形状。

像freesurfer这样的软件会对此有好处吗？还是在matlab或python (但最好是python)中有更好的东西？

谢谢!

泰勒主题阅读器

Answer 1

Freesurfer在患者的本地空间中对大脑进行分段和注释，从而产生患者特定的区域，如so。

我不确定你说的打补丁是什么意思，也不知道你想要对哪些其他图像应用这种转换，但它似乎是最适合处理单个患者数据的软件，而不是跨患者的标准化数据。

Answer 2

有大量用于图像配准的工具，例如，在“空间变换”->“配准”下查看http://www.nitrc.org。Nipype确实是一个很好的Python模块，它封装了许多工具(例如FSL、Freesurfer等)，因此您可以在某种程度上统一的界面中探索不同的可用工具。

除了那些众所周知的(SPM，FSL，AFNI)，你也可以尝试一些鲜为人知但功能非常强大的CMTK (http://www.nitrc.org/projects/cmtk)，它具有非线性注册，基于群体的模板构建，许多其他功能和SRI24图集。使用SRI24图集中可用标签，可以使用诸如asegment_sri24这样的脚本来快速开始注册/重新许可每个主题。

要在几分钟内开始使用CMTK (或其他几十种神经成像软件)，我建议您看看http://neuro.debian.net --这个平台可以非常轻松地部署(维护的)神经科学软件。FSL，AFNI，CMTK，SRI24地图集等可根据您的要求提供;)

Answer 3

我认为ITK就是为这种目的而设计的。Python包装器是存在的(Paul Novotny在他的站点上发布了Ubuntu的二进制文件)，但它主要是C++。如果你在Linux下工作，如果你熟悉cmake，那么编译起来就很简单。

由于这个工具包是一个非常低级的框架，我建议您尝试一下elastix，它是一个命令行工具，允许用户使用多尺度B样条密集配准在图片上进行配准。

另一个有趣的工具是MedINIRA，它基于Maxwell demons，并通过微分同胚功能进行了改进。