多维缩放

Question

我有5x14的数据矩阵。我在用MDS获取感知图。我可以正确地做MDS并得到结果。

但我的问题是，在MDS中，我们可以映射行或列变量。是否可以使用MDS同时映射行和列变量。

我使用的代码如下：

perp<-read.csv("E:\\Projects\\Combined_3.csv")
ads.dis<-dist(perp)
perp_mds <- cmdscale(ads.dis, k = 2,eig=TRUE)
x <- perp_mds$points[,1]
y <- perp_mds$points[,2]
plot(x,y, xlab = "Coordinate 1", ylab = "Coordinate 2", type = "n")
text(x,y, labels = rownames(perp))

如果有人能帮我写代码，我将不胜感激。

你好，Ari

Answer 1

一般来说，答案是否定的，而不是使用cmdscale()。cmdscale()所知道的就是对象之间的差异。在素食包中，有一个函数capscale()，它是主坐标分析(PCoA，也称为MDS)的约束版本，但可以用于普通的PCoA。它可以将对象和变量放在一个类似双图的图形中：

require(vegan)
data(varespec)
mod <- capscale(varespec ~ 1)
plot(mod)

但请注意，具有欧几里德距离的PCoA与PCA相同，它也可以使用，并将自然地绘制对象和变量：

plot(rda(varespec))

或使用基R函数

mod2 <- prcomp(varespec)
biplot(mod2)

或者您指的是MDS的非公制版本？