具有库“效果”的GLMM图中的缩放轴

Question

我是一名生物学毕业生，正在尝试使用R和库"effects“绘制我的GLMM。

我正在尝试使用这个字符串绘制我的模型，它工作得很好。

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library(effects) 
mod.cowles <- glmer((preshunt)~road+(1|area),family=binomial)
eff.cowles <- allEffects(mod.cowles) 
plot(eff.cowles, main= FALSE,rug=FALSE,colors=1, band.colors=3, col=1)

我的问题是，我需要具有相同lims的轴，从0到0.5的值，以及相同的缩放比例。我试图通过将它们添加到脚本中来做到这一点

mod.cowles <- glmer((preshunt)~road+(1|area),family=binomial)
eff.cowles <- allEffects(mod.cowles) 
plot(eff.cowles, main= FALSE,rug=FALSE,colors=1, band.colors=3, col=1, xlim=c(0,0.5), ylim=c(0,0.5))

但是然后R决定给我一个空图，甚至没有正确的轴。

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谁能给我一个关于如何解决这个问题的提示？

Answer 1

我写信给John Fox函数的作者，得到的答复是y上的值实际上是logit标度(:facepalm:，这是逻辑回归！)。将“原始”值转换为logit然后再转换回来是相当简单的。

下面是一个可重复使用的示例：

library(effects) 
library(lme4)

mod.cowles <- glmer(volunteer ~ extraversion + (1|sex), 
                    family=binomial, data = Cowles) # doesn't converge
eff.cowles <- allEffects(mod.cowles) 

plot(eff.cowles, main= FALSE,rug=FALSE,colors=1, band.colors=3, col=1, 
     xlim=c(0, 20), ylim = qlogis(c(0.1, 0.6))) # also log(c(.1, .6)/c(.6, .1))

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你可以设置ylim = qlogis(c(0.01, 0.99))，然后你会得到下面的图。请注意，这是在logit级别上进行的，其中0和1是(-)Inf。

qlogis(seq(0, 1, by = 0.1))
[1] -Inf -2.1972246 -1.3862944 -0.8472979 -0.4054651 0.0000000
    0.4054651 0.8472979 1.3862944 2.1972246 Inf

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Answer 2

尽管这篇文章已经很老了，但这篇文章可能会对其他遇到同样问题的人有所帮助。我遇到了同样的问题，一个空的图形&错误的轴比例，并认为这与R的版本有关，或者更确切地说，是一些包。改用较新的版本解决了这个问题。