库(Optparse)中出错:没有名为“optparse”的包

Question

我正在试着为我从R-bloggers那里得到的optparse包运行一些演示R代码。我使用的是ubuntu 14.04

代码是：

#!/usr/bin/env Rscript
library(optparse)

option_list = list( make_option(c("-f", "--file"), 
                                type="character", default=NULL, 
                                help="dataset file name",        
                                metavar="character"),
                    make_option(c("-o", "--out"), 
                                type="character", default="out.txt", 
                                help="output file name [default=     
                                      %default]", metavar="character")
                  ); 

opt_parser = OptionParser(option_list=option_list);
opt = parse_args(opt_parser);

if (is.null(opt$file)){
    print_help(opt_parser)
    stop("At least one argument must be supplied (input file).n",    
    call.=FALSE)
}

## program...
df = read.table(opt$file, header=TRUE)
num_vars = which(sapply(df, class)=="numeric")
df_out = df[ ,num_vars]
write.table(df_out, file=opt$out, row.names=FALSE)

如果使用调用将整个脚本保存在名为yasrs.R的文件中：

Rscript --vanilla yasrs.R

应返回帮助消息。

我得到一个错误：

Rscript --库中的vanilla yasrs.R错误(Optparse)：没有名为‘optparse’的包

我在写代码时通过RStudio安装了这个包(optparse)，也确保了在终端调用时安装了它。终端和RStudio都运行相同的R版本。

如有任何建议，我们将不胜感激。

Answer 1

RStudio在哪里安装了optparse？从packageDescription("optparse")那里得到这个。

然后在Rscript环境和RStudio环境中检查.libPaths()的输出。也许RScript看不到RStudio把它贴在了什么地方。

然后检查，即使它们可能是相同版本的R，它们也可能是两个不同的安装。R.home()在每一项中都说了什么？

一个或多个这样的东西会告诉你为什么它找不到它。解决方案可能是编写并运行一个安装它的小RScript，然后你应该相当确定它将被放在RScript将来能找到它的位置。