在引导时运行R脚本

Question

首先，这可能需要移动到超级用户。我无法决定哪一个场地更好。

我正在尝试编写一个R脚本，该脚本将在引导/重新引导时运行，并将该机器添加到doRedis工作线程池中。(doRedis是一个foreach后端)。

这是我的R脚本，"~/Rworker.R“

#Define Parameters
require(multicore)
Host <- 'ip_of_doRedis_Server'
cores <- multicore:::detectCores()
TO <- 24*3600

#Start Workers
require('doRedis')
startLocalWorkers(cores,'jobs',host=Host,port=6379, timeout = TO)

我可以使用命令sudo R CMD BATCH ~/Rworker.R ~/RLog从命令行运行此脚本。

接下来，我编写了一个shell脚本来运行R脚本，标题为"/etc/init.d/StartWorkers.sh“

#!/bin/sh
sudo echo "Starting R workers"
sudo R CMD BATCH ~/Rworker.R ~/RLog

我使用chmod +x StartWorkers.sh使这个shell脚本成为可执行文件。当我运行./StartWorkers.sh时，一切工作正常，R会话启动，工作进程被添加到池中。

现在，我需要在引导/重新引导机器时运行这个shell脚本，所以我输入update-rc.d StartWorkers.sh defaults。此命令似乎可以工作，但我收到以下警告：'update-rc.d: warning: /etc/init.d/StartWorkers.sh missing LSB information‘

然而，与rcconf的检查确认"StartWorkers.R“在启动列表中。

但是，当我重新启动机器时，该脚本无法运行。我做错了什么？shell脚本从命令行运行得很好，但是当我尝试在启动时运行它时会失败。

/EDIT:好的，根据Dirk的回答，我安装了littler，并将'StartWorkers.sh‘更改为：

#! /usr/bin/r

#Define Parameters
require(multicore)
Host <- 'zachec2.dyndns.org'
cores <- multicore:::detectCores()
TO <- 24*3600

#Start Workers
require('doRedis')
startLocalWorkers(cores,'jobs',host=Host,port=6379, timeout = TO)

但是当我运行它时，我得到了以下输出：

Loading required package: utils
Loading required package: multicore
Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called 'multicore'
Error in loadNamespace(name) : there is no package called 'multicore'
Calls: ::: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous>
Execution halted

我知道我的系统上安装了多核！

/EDIT2:我不得不将我所有的R包迁移到cd /usr/lib/R/site-library，现在可以使用更小的shell脚本了。我将脚本添加到/etc/rc.local中，它可以完美地启动！

Answer 1

这是一个有点R的问题，也是一个Ubuntu系统挖掘的问题。以下是几点：

1. 对于简单的启动任务，我推荐使用/etc/rc.local，在那里你可以添加你的工作。
2. 我就是不喜欢R CMD BATCH，这就是为什么Jeff Horner和我写了littler，它为你提供了/usr/bin/r和更容易的R脚本。R本身也为您提供根；与R CMD BATCH.
3. To测试脚本相比，这两种方法都更可取，只需以Rscript身份运行它们即可。创建完成后，将它们添加到/etc/rc.local.

希望这能有所帮助。r-sig-debian列表也是一个很好的Ubuntu / Debian技巧来源。