使R安装独立/独立于用户

Question

我正在尝试让R忽略c:\users\name\documents，并使其完全自包含/可移植

下面是我的目录结构：

.../R/R-2.1.2.2/...
.../R/r_user/
.../R/libs_site/

我更新了我的Rprofile.site如下：

# Set the working directory
setwd( file.path( R.home() , ".." , "r_user" ) )

# set the home directory
Sys.setenv(HOME=file.path( R.home() , ".." , "r_user" )  )

# Set the site library folder
.Library.site = file.path( R.home() , ".." , "libs_site" )

当R启动时，我运行.libPaths()，但我仍然看到c:/users/...

因此，也许R没有按照上面的Sys.setenv进行更新？解决方案？

Answer 1

添加以下代码会起到作用：

.Library.site = file.path( R.home() , ".." , "site-library" )
.libPaths(.Library.site)

Answer 2

在我的经验中，创建一个名为Renviron.site的文件并不是在我所有的Windows机器上都有效，相反，将相同的文件命名为.Renviron在所有地方都有效。不知道为什么。因此，如果您对上述建议有困难，那么可以尝试使用.Renviron作为名称。

请不要犹豫对我的建议进行批判性的评论，因为虽然我在描述对我有效的方法，但它可能存在我不知道的困难。

在我的经验中，以下方法是有效的：

Windows和Linux平台：

设置R路径

找到默认路径：.libPaths()

临时设置路径(在R脚本中)

.libPaths( "F:/Rlib" )

其中，F可以是与USB驱动器相关的字母。

查询路径( Windows和Linux)：

Sys.getenv('R_LIBS_USER')
Sys.getenv('R_LIBS')
Sys.getenv('R_USER')
Sys.getenv('R_DOC_DIR')
Sys.getenv('HOME')

再试一试：

normalizePath("~")

再试一试：

getwd()
setwd(dir)

getwd返回表示R进程当前工作目录的绝对文件路径

setwd( dir )用于将工作目录设置为dir。

Windows (测试时间: 7x64)

创建一个名为.Renviron的环境文件，将其放在工作目录或主目录中：

"C:/Users/username/Documents"

一些用户报告说，.Renviron文件需要放在"c:/ users /username/“中。如果不确定将其放置在何处，请保存桌面历史记录并查看.Rhistory文件所在的位置。然后将您的.Renviron文件放在相同的位置。保存历史记录保存历史记录()

# Windows .Renviron file:
R_LIBS_USER="C:/R/library"
R_USER="C:/R"
R_DOC_DIR="C:/R"
HOME="C:"

设置全局路径我的电脑/属性/高级系统设置/环境变量-->用户变量-->路径-->编辑c:\R;c:\R\library；

Linux (在kUbuntu 12.10上测试)

创建一个名为Renviron.site的环境文件，将其放入：

/etc/R/

查询路径以检查您的系统是否正在读取Renviron.site文件。

# Linux Renviron.site file:
R_LIBS_USER="~/R/library"
R_USER="~/R"
R_DOC_DIR="~/R" 
#HOME="/home" # may not be needed

备注: afaik文件是从下到上读取的，所以HOME在底部定义。在我的设置中，~被正确地分配给/home/，所以我忽略了最后一行。

如果使用RStudio，则可能还需要在RStudio程序目录中添加一个rsession.conf文件。下面的方法对我很有效：

# Windows 7:
r-libs-user="C:/R/library"
# Kubuntu 12:
# r-libs-user=~/R/%p-library/%v

Answer 3

你可以在[your R installation path]\etc中用几行代码创建文件Renviron.site

HOME="${R_HOME}\..\r_user"
R_LIBS_SITE="${R_HOME}\..\libs_site"

它设置您的第二和第三个设置。First可能会被setwd(Sys.getenv("HOME"))取代。