openmpi问题

Question

我想分配一个元素重叠的向量。例如，如果我有1, 2,3，我希望1,2被发送到一个节点，2，3被发送到另一个节点。我希望它用于打开mpi.....please帮助我.....

Answer 1

它是否用于OpenMPI并不重要；与MPICH2一样，OpenMPI只是该标准的一种实现。幸运的是，MPI是MPI。

因此，分发数据向量是通过MPI_Scatter调用完成的，该调用将大小相等的数据向量块发送到通信器中的每个进程。如果每个任务可能需要不同数量的元素，可以使用MPI_Scatterv，您可以显式地设置每个进程获得多少元素，以及它在数组中的起始位置。

但是，一旦使用MPI_Scatterv并指定计数和位移，就可以使用计数和位移来指定重叠的数据。计数的总和是数组中元素的数量加上重叠的位数；位移将指向进程看到的数组的第一个重叠部分。因此，例如，这将分配整数数组的重叠段：

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <mpi.h>

int main(int argc, char **argv) {
    const int NELEM=15;
    int globvec[NELEM];
    int *locvec;
    int *counts, *disps;
    int size, rank, ierr;
    int start, end;


    ierr  = MPI_Init(&argc, &argv);
    ierr |= MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);
    ierr |= MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);

    if (rank==0)
        for (int i=0;i<NELEM;i++) globvec[i] = i;

    /* figure out the counts and displacements into the array. 
     * All the tasks from 1..size-1 get one extra element
     * at the end overlapping with their neighbour; the tasks
     * size-1 gets all remaining data.
     */

    counts = (int *)malloc(size*sizeof(int));
    disps  = (int *)malloc(size*sizeof(int));
    for (int i=0; i<size; i++) {
        start = (NELEM/size)*i;

        end = (start + (NELEM/size)-1)+1;
        if (i == size-1) end = NELEM-1;

        counts[i] = (end-start+1);
        disps[i] = start;
    }

    locvec = (int *)malloc(counts[rank]*sizeof(int));
    MPI_Scatterv (globvec, counts, disps, MPI_INT,
                  locvec, counts[rank], MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);


    for (int i=0; i<counts[rank]; i++)
        printf("%d: %d\n", rank, locvec[i]);

    free(locvec);
    free(counts);
    free(disps);
    MPI_Finalize();

    return 0;
}

有15个元素，0..14。因此，如果你用三个任务运行它，并且有1的重叠，你会期望数组被分解为0，1，2，3，4，5，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，这就是你得到的结果：

$ mpirun -np 3 ./vector1
0: 0
0: 1
0: 2
0: 3
0: 4
0: 5
1: 5
1: 6
1: 7
1: 8
1: 9
1: 10
2: 10
2: 11
2: 12
2: 13
2: 14

Answer 2

MPI wiki page是一个很好的起点。您应该能够修改hello world示例以执行您想要的操作。

我不太确定你的具体问题是什么。如果你说出你已经做了多少，以及什么对你不起作用，这将真的很有帮助。