在R中运行Maxent

Question

很抱歉，如果这个问题之前出现过，但我想问一下，是否有人知道dismo包中maxent()中的每个参数中包含了什么？我已经搜索了各种R论坛站点和R帮助页面本身，但我不明白如何在我的论点中加入。我这里有一个预测变量的数据框样本

library(dismo)
system.file("java", package="dismo")

bio_14  bio_19  bio_3   bio_5   forest_cover
9       125     67      329     1
9       125     67      329     1
9       124     68      329     3
10      126     67      319     3

每一行要么是背景，要么是存在点。之后我不明白的是，在maxent()公式中，p和a的参数是什么。P参数是否包含x和y坐标，第三列表示1(存在)和0(不存在)？或者包含1和0的列是否会进入a参数？forest_cover是一个分类变量。

DataM<-read.csv("Maxent dataset.csv", header=T)
DataM<-data.frame(DataM)
parg<-read.csv("maxent p arg.csv", header=T)
aarg<-read.csv("maxent a arg.csv", header=T)
DataM[,'forest_cover'] = as.factor(DataM[,'forest_cover'])

#p
x           y
328206.7075 1257255.387
328759.7075 1256632.385
323102.7012 1256404.391
323029.7117 1267187.402



#a
pb
1
1
1
0


#Final code
    maxent1<-maxent(x=DataM, p=parg, a=aarg, factors='forest_cover')

    Error in maxent(x = DataM, p = parg, a = aarg, factors = "forest_cover") : 
  unused arguments (x = DataM, p = parg, a = aarg, factors = "forest_cover")

请务必告诉我，我是否应该移动一些东西，以及它们是否在正确的数据帧中。提前感谢

Answer 1

我不知道这是否会有帮助，但我的代码如下所示。您可以设置参数，如下所示。如果您打开maxent.jar并单击MaxEnt图形用户界面中的帮助按钮，您将获得一个参数列表。只需输入参数的名称并设置它的值，它就可以工作了。

  `xx<-maxent(x=expl,p=spp.coords$garmani, args=c(
  'maximumbackground=10000',
  'defaultprevalence=1.00',
  'betamultiplier=0.5',
  'pictures=true',
  'randomtestpoints=30',
  'linear=true',
  'quadratic=true',
  'product=true',
  'threshold=true',
  'hinge=true',
  'threads=2',
  'responsecurves=false',
  'jackknife=false',
  'askoverwrite=false'
))`

编辑:我应该补充说，'x‘是我的协变量(在本例中是BioClim层)的栅格堆栈，而'p’只是包含我的物种的xy坐标(按该顺序)的列表。

Answer 2

以下面的方式运行R中的最大值

maxent(predictors, parg, aarg)

哪里

预测器:环境变量堆栈

parg:存在位置的坐标(单独列中的x和y坐标)

aarg:背景点的坐标(单独列中的x和y坐标)