问Biopython CodonTable错误？
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Stack Overflow用户

提问于 2011-02-19 04:02:46

回答 1查看 381关注 0票数 1

我正在写一些代码，旨在将模棱两可的DNA代码翻译成可能的氨基酸，我看到了来自Biopython1.56包的一些奇怪的翻译。它似乎正在将模棱两可的DNA代码转换为'J‘，而’J‘并不是作为任何东西的代码存在的。我在Mac OS 10.6.6上运行python 2.6.1。

例如：

>>>from Bio.Seq import *
>>>translate('ARAWTAGKAMTA')
'XJXJ'

或

>>>from Bio.Seq import Seq
>>>c = Seq('ARAWTAGKAMTA')
>>>c.translate().tostring()
'XJXJ'

我已经查看了Bio.Data.CodonTable源代码和Bio.Seq源代码，但我找不到为什么会发生这种情况的原因。有什么想法吗？

谢谢!

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发布于 2011-02-19 23:30:19

J是亮氨酸(L)或异亮氨酸(I)，用于质谱(核磁共振)。

另请参阅http://biostar.stackexchange.com/questions/5688/biopython-translation-error

票数 4

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/5045967

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