PubMed文章的全文PDF

Question

当我在一个项目上工作时，我需要下载和处理PubMed摘要的全文文章，是否有任何实现的代码或工具，允许用户输入一组PubMed ids并下载相同的免费全文文章。我们非常感谢任何形式的帮助或提示。

Answer 1

由于PubMed的性质，我认为这在一般情况下是不可能的。您要做的最好的事情是从PubMedCentral的开放访问子集获取文章。PubMedCentral有一个number of online utilities来做这项工作。

Answer 2

StompChicken所指的实用程序是供发布者在提交给PMC之前验证他们的XML的，它们不是用于下载的工具。

请注意，PMC中的绝大多数文章都不是开放获取(OA)，因此无法通过任何方式自动(合法)下载。NCBI警告：

• ，PMC中的大多数文章都受到传统的版权限制，并不属于这个子集。阅读PMC版权声明了解更多information.
• The PMC OAI服务和PMC FTP服务是唯一可用于从此开放访问subset.
• Systematic自动下载文章的服务禁止通过任何其他自动过程对文章进行检索(批量下载)，即使您仅从此子集中检索文章也是如此。
• 某些期刊使用“开放访问”标签来表示发表时可免费获取的文章，但仍受传统版权限制的约束。这样的文章不是这个子集的一部分。

下载PMC内容的最好方法是使用PMC Open Access FTP服务：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/ftp/

您还可以使用eutils来查询项目管理中心并下载OA子集的全文以及其余部分的摘要：http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/corehtml/query/static/efetchlit_help.html

另一种选择是使用OAI服务：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/oai/

OAI服务的文档非常糟糕，但这里提供了一些入门技巧：http://www.biostars.org/p/2076/#13338

如果您希望维护和更新PMC存储库，请尝试使用pubtools：http://code.google.com/p/pubtools/