在函数中使用sfApply时的作用域问题(包snowfall - R)

Question

让我在R中添加另一个作用域问题，这次是降雪包。如果我在全局环境中定义了一个函数，并在稍后尝试在另一个函数的sfApply()中使用该函数，那么我的第一个函数就找不到了：

#Runnable code. Don't forget to stop the cluster with sfStop()
require(snowfall)
sfInit(parallel=TRUE,cpus=3)

func1 <- function(x){
    y <- x+1
    y
}

func2 <- function(x){
    y <- sfApply(x,2,function(i) func1(i) )
    y
}

y <- matrix(1:10,ncol=2)
func2(y)
sfStop()

这提供了：

> func2(y)
Error in checkForRemoteErrors(val) : 
  2 nodes produced errors; first error: could not find function "func1"

但是，如果我将我的函数嵌套在另一个函数中，它就可以工作。当我在全局环境中使用sfApply()时，它也可以工作。问题是，我不想将我的函数func1嵌套在function2中，因为这会导致func1被定义了很多次(func2被用在一个类似循环的结构中)。

我已经尝试过简化代码以消除双循环，但由于问题的性质，这是不可能的。有什么想法吗？

Answer 1

我认为你想要sfExport(func1)，尽管我不确定你需要在你的.GlobalEnv中还是在func2中这样做。希望这能帮上忙。

> y <- matrix(1:10,ncol=2)

> sfExport(list=list("func1"))

> func2(y)
     [,1] [,2]
[1,]    2    7
[2,]    3    8
[3,]    4    9
[4,]    5   10
[5,]    6   11

Answer 2

我认为你现在混淆了作用域和并行计算。您正在调用新的R会话-通常由您负责在节点上重新创建您的环境。

另一种选择是使用foreach等人。foreach (或迭代器?)中有示例。文档中显示的正是这一点。看吧，乔什现在也推荐了同样的东西。