对带R的数据库的建议

Question

我使用R来运行使用时间序列数据的模拟。我一直使用数组来存储数据，但我需要一种内存密集度较低的解决方案来在中间步骤存储数据，以便记录该过程。我不是一个程序员，所以我正在寻找一些相对容易设置在多个平台上，如果可能的话(Windows，Mac，Linux)。我还需要能够直接从R调用数据库，因为现在学习另一种语言是不可行的。理想情况下，我希望能够以类似于数组的方式频繁地读写数据库，尽管我不知道这是否现实。我很乐意牺牲速度来换取易用性，但我愿意努力学习开源解决方案。如有任何建议，我们将不胜感激。

Answer 1

我还需要能够直接从R调用数据库

我建议设置带有RMySQL接口的MySQL。

一旦DB连接打开，您就可以查询数据库并将数据放入R中，例如：

# Run an SQL statement by creating first a resultSet object
rs <- dbSendQuery(con, statement = paste(
                      "SELECT w.laser_id, w.wavelength, p.cut_off",
                      "FROM WL w, PURGE P",
                      "WHERE w.laser_id = p.laser_id",
                      "SORT BY w.laser_id")
# we now fetch records from the resultSet into a data.frame
data <- fetch(rs, n = -1)   # extract all rows

：MySQL数据库的R接口

用于R的

数据库接口和MySQL驱动程序。此版本符合DBI0.2-2包中实现的数据库接口定义。

MySQL数据库：

可用于您在问题中引用的所有平台，以及更多，请下载here。

Answer 2

快速评论：

• R擅长这一点，作为一种用于数据编程的语言，有大量的interfaces
• There是专门用于数据导入/导出的整个manual，并且它有一个section on relational databases，所以从这里开始。
• R具有广泛使用的DBI包，它为许多后端提供了统一的接口，其中包括SQLite，MySQL，PostgreSQL，Oracle，...利用这一点，也许可以通过RSQLite让事情更快地进行下去。您仍然可以切换后端afterwards.
• There也是RODBC，但我发现使用ODBC很乏味。
• R还有一个由Paul Gilbert编写的专门的TSdbi包变体，它为timeseries数据库带来了类似DBI的抽象。它还支持为此编写的多个backends.
• The data.table包，并且在索引和aggregation.

上速度非常快

Answer 3

您真的需要数据库解决方案来满足您的需求吗？您说您想要一个“在中间步骤存储数据的解决方案”--简单地在所需的时间点将数据数组保存到磁盘怎么样？

编辑:为了能够检索信息，您可以在文件名中嵌入元信息，例如试验索引和/或时间戳。然后，您可以使用正确的文件名查找和加载该文件。