如果从函数中运行，Sweave看不到向量？

Question

我有一个将向量设置为字符串的函数，复制一个具有新名称的Sweave文档，然后运行该Sweave。在Sweave文档中，我想使用我在函数中设置的向量，但它似乎看不到它。

(编辑:按照Dirk的建议，我将此函数更改为使用tempdir(()

我创建了一个sweave文件test_sweave.rnw；

% 
\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage[OT1]{fontenc}
\usepackage{Sweave}
\begin{document}

\title{Test Sweave Document}
\author{gb02413}

\maketitle

<<>>=
ls()
Sys.time()
print(paste("The chosen study was ",chstud,sep=""))
@ 
\end{document}

我有这个功能；

onOK <- function(){ 
    chstud<-"test" 
    message(paste("Chosen Study is ",chstud,sep="")) 
    newfile<-paste(chstud,"_report",sep="") 
    mypath<-paste(tempdir(),"\\",sep="")
    setwd(mypath) 
    message(paste("Copying test_sweave.Rnw to ",paste(mypath,newfile,".Rnw",sep=""),sep=""))
    file.copy("c:\\local\\test_sweave.Rnw", 
            paste(mypath,newfile,".Rnw",sep=""), overwrite=TRUE) 
    Sweave(paste(mypath,newfile,".Rnw",sep="")) 
    require(tools) 
    texi2dvi(file = paste(mypath,newfile,".tex",sep=""), pdf = TRUE) 
} 

如果我直接从函数运行代码，得到的文件有ls()的输出；

> ls()
[1] "chstud" "mypath" "newfile" "onOK"

但是，如果我调用onOK()，我会得到这个输出；

> ls()
[1] "onOK"

和打印(...chstud...))函数会生成错误。

我怀疑这是一个环境问题，但我假设因为对Sweave的调用发生在onOK函数中，所以它应该在相同的环境中，并且会看到在该函数中创建的所有对象。如何让Sweave进程查看chstud向量？

谢谢

保罗。

Answer 1

好吧，我意识到我最初关于“简单的，自包含的例子”的想法并不是特别简单或有用。因此，我重做了我的示例，并为自己得到了某种答案，尽管我希望有人来解释原因，甚至提出更好的解决方案，以下是我的示例test_sweave.Rnw文件

% 
\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage[OT1]{fontenc}
\usepackage{Sweave}
\begin{document}

\title{Test Sweave Document}
\author{Paul Hurley}

\maketitle

<<>>=

if(exists("foo")){print(foo)}
ls()
Sys.time()
@ 
\end{document}

如果我运行这段代码；

testFoo<-function(){    
  foo<-"My Test String"     
  Sweave("test_sweave.Rnw")     
  require(tools)    
  texi2dvi(file = "test_sweave.tex", pdf = TRUE) 
}

rm(foo) testFoo()

我的结果文件不包含字符串foo的内容。

> if (exists("foo")) {
+ print(foo)
+ }
> ls()
[1] "testFoo"

如果我运行这段代码(也就是说，同样的事情，直接运行)

rm(foo)
foo<-"My Test String"
Sweave("test_sweave.Rnw")
require(tools) 
texi2dvi(file = "test_sweave.tex", pdf = TRUE)

我的结果文件确实包含foo字符串

> if (exists("foo")) {
+ print(foo)
+ }
[1] "My Test String"
> ls()
[1] "foo" "testFoo"

如果我运行这段代码

testBar<-function(){
    foo<<-"My Test String"
    Sweave("test_sweave.Rnw")
    require(tools) 
    texi2dvi(file = "test_sweave.tex", pdf = TRUE)
}

rm(foo)
testBar()

我的结果文件还包含foo字符串

> if (exists("foo")) {
+ print(foo)
+ }
[1] "My Test String"
> ls()
[1] "foo" "testBar" "testFoo"

因此，sweave似乎是在全局环境中运行，而不是在调用它的环境中运行。这意味着，当从函数运行sweave时，将变量传递给sweave的唯一方法是使用<<-运算符将变量放入全局环境中。(我想)。

还有谁想评论一下谁对环境了解得更多？

Answer 2

我也有类似的问题。最终，我找到了一个“对我有效”的变通方法，尽管它可能不是解决这个问题的最优雅的方法。

在我的函数中，在执行'Sweave‘之前，我放了一条语句来全局存储本地环境：

temp <<- environment()

使用您的代码示例，它将如下所示：

testFoo<-function(){    
  foo<-"My Test String"
  temp <<- environment()
  Sweave("test_sweave.Rnw")     
  require(tools)    
  texi2dvi(file = "test_sweave.tex", pdf = TRUE) 
}

rm(foo) testFoo()

然后，在第一个块的开头要‘LaTeX’的文件中，我恢复了必要的变量，但您也可以使用'temp$foo‘来访问在函数中创建的'foo’变量。这样，我就避免了全局存储多个变量。

% 
\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage[OT1]{fontenc}
\usepackage{Sweave}
\begin{document}

\title{Test Sweave Document}
\author{Paul Hurley}

\maketitle

<<>>=

if(exists("foo", envir=temp)) { print(temp$foo) }
ls()
Sys.time()
@ 
\end{document}

就像我在上面写的--这是可行的，但不是很优雅。