文件管理

Question

我现在正在研究巨蟒和生物巨蟒。我有一个文件上传表单，无论上传的是什么文件，假设(abc.fasta)，那么我想在execute (abc.fasta)函数参数和display函数参数(abc.aln)中传递相同的名称。现在我正在手动更改文件名，但我想让它自动。

工作流程是这样的。

-如果submit不为true，则仅显示页眉和表单部分

-如果submit为true，则调用execute()并从表单输入中获取文件名

-然后显示结果文件名与执行文件名相同，但只是扩展名不同

我的原始代码在这里-- http://pastebin.com/FPUgZSSe

如有任何建议、更改和算法，欢迎光临

谢谢

Answer 1

您需要从cgi.FieldStorage()中读取上传的文件，并将其保存到服务器上。通常，临时目录(Linux上的/tmp)用于此目的。您应该在处理后或按计划删除这些文件，以清理驱动器。

def main():
  import cgi
  import cgitb; cgitb.enable()
  f1 = cgi.FieldStorage()
  if "dfile" in f1:
    fileitem = f1["dfile"]
    pathtoTmpFile = os.path.join("path/to/temp/directory", fileitem.filename)
    fout = file(pathtoTmpFile, 'wb')
    while 1:
        chunk = fileitem.file.read(100000)
        if not chunk: break
        fout.write (chunk)
    fout.close()
    execute(pathtoTmpFile)
    os.remove(pathtoTmpFile)
  else:
    header()
    form()

这修改了执行以获取新保存的文件的路径。

cline = ClustalwCommandline("clustalw", infile=pathToFile)

对于结果文件，您还可以将其流式传输，以便用户获得“另存为...”对话框。这可能比在HTML中显示它更有用一些。