R统计包:包装GOFrame对象

Question

我正在尝试生成GOFrame对象，以便在R中为不受支持的生物生成基因本体映射(请参阅http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GOstats/inst/doc/GOstatsForUnsupportedOrganisms.pdf)。

然而，照字面意思去做并不能帮到我。下面是我执行的代码( 64位ubuntu koala上的R 2.9.2 )

library("AnnotationDbi")
library("org.Hs.eg.db")
frame = toTable(org.Hs.egGO)
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id)
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens")

但是，当我尝试将我的数据帧映射到一个goFrame对象时，我得到了这个错误

Error: could not find function "GOFrame"

我非常确定AnnotationDBI库中有GOFrame包装器，所以我很困惑。如有任何帮助，我们将不胜感激:-)

Answer 1

我想这是你的R版本。据描述，自最新版本以来，仅在bioconductor AnnotationDBI中支持GOFrame包装。

我刚试过，它在R 2.10.0上工作

享受吧！

Answer 2

根据package description，Go.db包只是建议的，而不是依赖的。因此，一个简单的

 library(GO.db)

这似乎就是你需要做的。