轻松安装新版本的R？

Question

Andrew Gelman recently lamented the lack of an easy upgrade process for R (在Windows上可能比Linux更相关)。有没有人有好的升级技巧，从安装软件到复制所有的设置/包？

这个建议包含在评论中，也是我最近一直在使用的。首先安装新版本，然后在旧版本中运行以下命令：

#--run in the old version of R
setwd("C:/Temp/")
packages <- installed.packages()[,"Package"]
save(packages, file="Rpackages")

在新版本中如下所示：

#--run in the new version
setwd("C:/Temp/")
load("Rpackages")
for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
install.packages(p)

Answer 1

为了完整起见，有一些方法可以防止你遇到这个问题。正如Dirk所说，将包保存在计算机上的另一个目录中。

install.packages("thepackage",lib="/path/to/directory/with/libraries")

您也可以使用函数.libPaths更改缺省的.Library值

.libPaths("/path/to/directory/with/libraries")

这会将此路径作为.Library变量中的第一个值，并将其设置为默认值。

如果希望进一步实现自动化，可以在Rprofile.site文件中指定，该文件位于R构建的/etc/目录中。然后，它将在每次加载R时自动加载，您不必再担心这一点。您可以只从指定的目录安装和加载包。

最后，我在Rprofile.site中包含了一些小代码，允许我在安装新的R版本时重新安装所有包。您只需在更新到新的R版本之前将它们列在上。我使用一个包含所有包的更新列表的.RData文件来完成此操作。

library(utils)

## Check necessary packages
load("G:\Setinfo\R\packagelist.RData") # includes a vector "pkgs"
installed <- pkgs %in% installed.packages()[, 'Package']
if (length(pkgs[!installed]) >=1){
  install.packages(pkgs[!installed])
}

我通过在Rprofile.site中指定.Last()来创建packagelist.RData。如果我安装了以下内容，这将更新软件包列表：

.Last <- function(){
  pkgs <- installed.packages()[,1]
  if (length(pkgs) > length(installed)){
    save(pkgs,file="G:\Setinfo\R\packagelist.RData")
  }
}

当我安装一个新的R版本时，我只需将必要的元素添加到Rprofile.site文件中，所有的包都会被重新安装。我无论如何都要调整Rprofile.site (使用sum对比度，为Tinn-R添加额外的代码，这些事情)，所以这并不是真正的额外工作。这只是需要额外的时间重新安装所有的软件包。

这最后一点等同于原始问题中作为解决方案给出的内容。我只是不需要担心先得到“已安装”列表。

同样，如果您有不是从CRAN安装的包，这也不是完美的。但是这段代码也可以很容易地扩展以包含这些内容。

Answer 2

如果您使用的是Windows，则可能需要使用installr包：

install.packages("installr")
require(installr)
updateR()

执行此操作的最佳方法是从RGui系统。所有的包都将被转移到新的文件夹中，旧的包将被删除或保存(你可以选择其中之一)。然后，一旦您再次打开RStudio，它会立即识别您使用的是更新版本。对我来说，这就像是一种魔力。

More info on here。

Answer 3

两个快速建议：

1. 使用Gabor的batchfiles，据说它包含了一些工具，例如帮助进行批量库重新定位的工具。注意:我还没有使用过它们。
2. 不要在已安装的R版本的'filetree‘中安装库。在Windows上，我可能会将R放入C:/opt/R/R-$version，但使用以下代码片段将所有库放入C:/opt/R/library/，因为它首先减轻了问题：

​

$ cat .Renviron         # this is using MSys/MinGW which looks like Cygwin  
## Example .Renviron on Windows    
R_LIBS="C:/opt/R/library"