在数据库/文献中查找胰蛋白酶消化后的肽的R脚本
在数据库/文献中查找胰蛋白酶消化后的肽的R脚本
提问于 2015-12-11 19:46:45
我有一长串的肽序列，我想在公共资源/数据库中以批处理的方式查找，看看这些肽是否在特定组织(血浆、尿液等)中被鉴定为生物标志物。问题是，肽是使用胰蛋白酶摘要生成的，这意味着我并不总是获得精确匹配，还需要通过查找具有不规则消化裂解的案例来查找与我的肽查询不精确的匹配。我发现的唯一可以处理酶消化问题的R包处理的是光谱而不是肽序列。我非常感谢任何关于如何做到这一点的建议，谢谢！
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2017-06-10 07:55:38
我以前用过"Cleaver“R包，它似乎是我见过的最全面的酶列表：
devtools::install_github("sgibb/cleaver")
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/34222819
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