有人知道如何将png图片从工作目录导入/上传到RStudio Notebook脚本中吗?我喜欢将它包含在Notebook的HTML输出中。Rmarkdown (http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_basics.html)中建议的脚本在笔记本中不起作用。
下面是我使用/创建的一些代码:
#' Plot pathways using the bioconductor *pathview* package. Five *.png images are placed in the working directory by default.
>p <- pathview(gene.data=foldchanges, pathway.id=keggresids, species="hsa"))
>str(p)'str(p)‘的对数是一个包含5个(每条路径一个)的列表,每个路径都包含一个具有10个变量的data.frame plot.data.gene和一个plot.data.cpd: NULL
可以使用pathview vignette (https://www.bioconductor.org/packages/3.3/bioc/vignettes/pathview/inst/doc/pathview.pdf)第3-6页上的示例。
因为图像被打印到工作目录,所以它不会显示在我的Notebook HTML中。有没有一种方法可以将图像重新导入到文档中,以便它可以呈现到HTML文档中?我使用的不是markdown文档,而是一个常规的R脚本,我通过在(或ctrl+shift+K)上选择Notebook图标将其编译成HTML Notebook,因此以下markdown脚本将不起作用:
有什么建议吗?
发布于 2015-12-18 08:15:47
嗯,这是你想要的吗?只是将png插入到R标记文件中?
---
title: "Crab"
output: html_document
---
#
You can also embed plots, for example:
```{r, echo=FALSE}plot(汽车)

发布于 2019-02-21 12:06:19
这是一个相当老的问题,但我有一个有效的解决方案,并在寻找我的解决方案时发现了这个问题。
从网站添加图片(直接取自Adam Pritchard的Markdown小抄):
或者,要从本地驱动器添加映像,请使用以下命令(适用于Mac OSX):
https://stackoverflow.com/questions/34345712
复制相似问题